• 生圖導覽
  • 電子資源
  • 館藏資源
  • 讀者服務
  • 文獻服務
  • 生物資訊

2018 年教育訓練課程


  • 主題 1 :生物資訊之相關應用
  • 主題 2 :電子資源、資料庫、工具及書目管理軟體之使用教學

Turnitin 論文線上比對系統教育訓練 (in English) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 02 日(三)
    15:15 ~ 16:15
  • 主講人: Mr. 陳定遠 (iGroup Taiwan)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
請注意:報名此場次之前,請先申請Turnitin帳號(限院內生命組同仁).請按申請連結

經由Turnitin線上原創比對,了解論文是否有被剽竊? 課程內容如下:
1. Turn it in介紹
2. 啟用帳號:利用啟用信啟用帳號
3. 上傳論文
4. 查看原創性報告

Turnitin 論文線上比對系統教育訓練 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 02 日(三)
    14:00 ~ 15:00
  • 主講人: Ms. 黃爽容 (iGroup Taiwan)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
請注意:報名此場次之前,尚未有帳號者,請先申請Turnitin帳號(限院內生命組同仁).請按申請連結

經由Turnitin線上原創比對,了解論文是否有被剽竊? 課程內容如下:
1. Turn it in介紹
2. 啟用帳號:利用啟用信啟用帳號
3. 上傳論文
4. 查看原創性報告

如何提昇研究競爭力-活用 WOS、JCR及 ResearcherID (in English) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 09 日(三)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

以新一代的Web of Science加速您的研究探索
1.瞭解最新相關研究動態
2.掌握相關研究之高被引文獻
3.分析相關研究歷年發展趨勢及h-index值
4.追蹤相關研究引用地圖脈絡
5.利用JCR選擇高品質期刊投稿
6.利用ResearcherID提高我的文章曝光率


掌握生命科學研究的趨勢脈動: ProQuest Natural Science Collection (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 10 日(四)
    10:00~11:30
  • 主講人: 孟家瑋先生(培訓與諮詢顧問, ProQuest-台灣)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

*資料庫整體介紹
*資料庫平台操作說明
*Q&A


Master research trends in life sciences: ProQuest Natural Science Collection (in English) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 11 日(五)
    10:00~11:30
  • 主講人: 孟家瑋先生(培訓與諮詢顧問, ProQuest-台灣))
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

*資料庫整體介紹
*資料庫平台操作說明
*Q&A


基因體定序 — NGS核心設施簡介、應用及實驗設計之考量 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 11 日(五)
    14:00~16:30
  • 主講人: Dr. 呂美曄 (研究副技師, 生多中心)
  • 上課地點:生醫所B1B會議室

This presentation will introduce the NGS capacity at the AS Core Facility and several common applications. The contents will focus on the NGS applications and issues related to experimental design and sample requirement.

Outline:

  • Introduction of the NGS core capacity
  • Principles of Genome-Seq (De Novo), ChIP-Seq, RNA-Seq, miRNA-Seq
  • General considerations of NGS experimental design and choice of platforms and read lengths
  • Sample requirement, submission, and QC
  • Data format and quality control

ELSEVIER Pathway Studio® Plant 教育訓練 (in English) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 15 日(二)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Mr. 陳冠文 (資深副理, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio 根據使用者需求分成Mammal 與 Plant版本,其中Pathway Studio Plant 專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理Pathway Studio Plant 以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫中之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析您也可以匯入各種基因表現數據,與現有資料庫或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並籍由這些資源加以延伸或探討未知領域


概要:

a.Pathway Studio 植物版介紹
b.搜尋與建立Pathway
c.分析實驗資料
d.自訂植物同源性蛋白對照表
e.Q & A


ELSEVIER Pathway Studio® Plant 教育訓練 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 15 日(二)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Mr. 陳冠文 (資深副理, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio 根據使用者需求分成Mammal 與 Plant版本,其中Pathway Studio Plant 專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理Pathway Studio Plant 以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫中之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析您也可以匯入各種基因表現數據,與現有資料庫或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並籍由這些資源加以延伸或探討未知領域


概要:

a.Pathway Studio 植物版介紹
b.搜尋與建立Pathway
c.分析實驗資料
d.自訂植物同源性蛋白對照表
e.Q & A


利用IPA進階功能模組於多體學分析之應用 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 24 日(四)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 蔡宜庭 (工程業務專員, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
IPA的數據分析和解釋建立在QIAGEN知識庫的基礎上,因應日趨複雜的生物作用類型以及更大量的體學數據量分析,QIAGEN推出了“IPA進階功能模組”以面對下一階段的訊息路徑分析需求。
在本次IPA教育課程當中,創源生技將進行IPA進階功能模組於多體學分析之教程,並實際上機演示變異體分析(Isoprofiler Analysis) ,磷酸化蛋白質體分析(Phosphoproteomics Analysis)以及實驗結果分析匹配(Analysis match)之應用範例。

在變異體分析(Isoprofiler Analysis)當中,我們的應用範例為EEC子宮內膜癌與HCC肝癌之病人腫瘤細胞與正常細胞之RNA-seq之dataset。在此次演示中,我們希望透過Isoprofiler,快速篩選實驗中目標興趣之Isoform。通過簡單的條件設定,我們能夠與特定Isoform相關之疾病; 或了解在癌症組及正常組,表現量最高之Isoform是否改變,並透過與GTEx資料庫的整合,提供各Isoform在各組織的表現量,讓我們在實驗後可以輕易了解在你的實驗當中,是否有特定的Isoform具有明顯的表現值。另外在分析之後,IPA不僅詳細記誌了各基因資訊提供您快速了解,也提供Isoprofiler finding,根據特定Isoform想進行更深入的了解及特性篩選,Isoprofiler finding提供您簡單的頁面及操作方式,快速篩選出您目標之Isoform。

另外,在磷酸化蛋白分析(Phosphoproteomics Analysis)當中,我們的應用範例是以葡萄球菌分泌之毒素Alpha toxin攻擊人體呼吸道支氣管上皮細胞株S9 cell之磷酸化蛋白分析dataset。透過細胞株之磷酸化蛋白分析,我們可以瞭解在細胞受到毒理攻擊時,會有那些分子調控路徑被激活,並影響下游之疾病及上游分子表現。IPA在分子顯示上以顏色標誌方式來表示磷酸化後文獻支持的蛋白質表現。根據IPA磷酸化蛋白分析結果,我們可以根據分析結果了解在Alpha toxin攻擊後,S9細胞株或會被激活何種生化路徑來反應,藉此了解Alpha toxin可能調控及參與的分子路徑。

在分析設定結束後,IPA通過結合Omicsoft資料庫,提供實驗結果分析匹配(Analysis match)結果。將您的實驗結果與Omicsoft提供之8100多比已分析完成之dataset做比較,根據您實驗組的相似關係度,Analysis match為您找出最相似至最不相似之實驗分析結果。在Omicsoft其他分析的支持底下,您可以為自己的假說建立更多信心來源,或是根據他人的實驗結果發現意料外的可能結果。此應用範例為db/db diabetic liver transcriptomic dataset,利用Analysis match,我們可以深入了解您實驗結果的生物學機制,並根據大量共享數據所獲取的資訊建立假說與全新的實驗見解。

不只是讀Paper,現在流行”看”Paper (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 05 月 30 日(三)
    14:00-15:30
  • 主講人: Ms. 李紹廸 (飛資得資訊)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

課程大綱:

本次課程我們將從研究資源的視覺化趨勢來看圖書館訂閱資源的最新面貌,同時介紹如何透過投稿來提升研究國際能見度。內容如下:

  1. 研究資源視覺化趨勢:看HSTalks如何和國際大師面對面
    • HSTalks - The Biomedical & Life Sciences Collection生物醫學與生命科學影音資料庫廣邀世界級生醫領域的專家學者及諾貝爾得主,就基因學到分子生物學的基礎理論,甚至到臨床上的疾病成因到治療,展開專業的線上講座。不用趕飛機搶飯店,在圖書館就可以身歷其境!
  2. 傳統也可以創新:在Ovid期刊查全文圖片影像無障礙
    • Ovid平台上的期刊,不只是可以查詢全文和參考文獻,連圖表影片都可以單獨查詢,提供全方位的檢索角度。除此之外,更可以直接下載,教學自用兩相宜!
  3. 一起來自拍投稿學術期刊:將實驗技術影像化的期刊JoVE
    • JoVE是第一個採用同儕評論、並被PubMed收錄的影片期刊。面對科學研究中實驗複製困難及學習新技術需耗費大量時間精力的挑戰,JoVE提供更有效率的知識傳播形式!按圖索驥Bye!瞎子摸象Bye!Bye!
  4. 憑實力在國際發聲:投稿最大開放存取出版商BioMed Central提升能見度
    • 全世界每月有超過700萬讀者造訪的BioMed Central,是全球最大的同儕評閱開放取用期刊出版商之一,出版的期刊有六成以上具備期刊影響指數。想要讓國際學術社群看見你的畢生心血嗎?就來看看如何在BioMed Central投稿吧!

A Practical Guide to The Arabidopsis Information Resource (TAIR) (in Bilingual)

  • 上課日期: 06 月 05 日(二)
    14:00 ~ 16:00
  • 主講人: Dr. 陳荷明 (副研究員, 農生中心)
  • 上課地點:農科大樓A134會議室

Since the Arabidopsis genome was finished in year 2000, the information derived from intensive studies of this plant model organism has been accumulated rapidly. The Arabidopsis Information Resource (TAIR) is a database providing comprehensive and up-to-date genetic and molecular biology data of Arabidopsis on a genome-wide scale.
This workshop will demonstrate how to interpret, retrieve and analyze various data types with the use of TAIR.
1. DNA analysis: cis-element, polymorphism, DNA methylation
2. RNA analysis: splicing, expression, plant ontology, small RNA, degradome
3. Protein analysis: domain, localization, modification, protein-protein interaction
4. Function analysis: gene ontology
5. Pathway analysis: AraCyc Pathways
6. Others: seed stock, ftp download


提升論文發表率的成功秘訣-Wiley 作者國際影響力培育學院 (in English)

  • 上課日期: 06 月 20 日(三)
    15:00 ~ 16:30
  • 主講人: Dr. Andrew Moore, Editor-In-Chief, BioEssays and Wiley Researcher Academy
  • 上課地點:生化所103講堂

要決定在哪兒投稿文章並非易事。學術期刊的投稿選項廣大無邊,要找到合適的期刊,並確保您的文章被接受可是至關重要的。一起來聽聽Andrew Moore博士的專業建議與見解,為您研究發表之路點亮一盞明燈,增加您未來的投稿接受率。

Wiley Researcher Academy(Wiley作者國際影響力培育學院)是完整、線上且全國性的作者培訓計劃。以嚴謹的教學模式建構課程設計,在數位化的環境下開展有效的學習與效果評估,成為提供高品質論文寫作和出版培訓的高效方式。Wiley Researcher Academy能幫助政府、學術機構和研究供作者提升研究發表產量與品質,更成為國家科學策略的主要績效指標。

活動流程

時間(下午)

講座主題 Presenter
3:00 – 3:05 開場 中研院
3:05 – 3:15 綜觀台灣學術研究力 劉佳吟台灣總監約翰威立股份有限公司
3:15 – 4:00 找到合適期刊、增加發表率的成功秘訣 Andrew Moore博士,BioEssays及Wiley Researcher Academy
( Wiley 作者國際影響力培育學院) 主編
4:00 – 4:20 Wiley作者國際影響力培育學院計劃 Andrew Moore博士,BioEssays及Wiley Researcher Academy
( Wiley 作者國際影響力培育學院) 主編
4:20 – 4:30 Q&A Andrew Moore博士,BioEssays及Wiley Researcher Academy
( Wiley 作者國際影響力培育學院) 主編

成功的英語面談技巧 (in Chinese)

  • 上課日期: 06 月 26 日(二)
    14:00 ~ 16:00
  • 主講人: 周樹華老師 (台大外文系資深教授)
  • 上課地點:生醫所B1C會議室

Outline

1) 面談技巧

2) 如何用流利的英語回答面試主管問題

3) 如何用禮貌恰當的英語問面試主管問題


「萬用模版」英文寫作法 (in Chinese)

  • 上課日期: 07 月 17 日(二)
    10:00 ~ 17:00
  • 主講人: 陳甫州 教授 (主任, 台中榮民總醫院幹細胞醫學研究中心)
  • 上課地點:生醫所 B1C 演講廳
「「萬用模版」英文學術論文寫作法以傳達科學研究者的研究理念和成果,透過清晰、流暢的英文語法與語句,按照期刊的四段式結構:簡介、實驗、結果與討論邏輯的段落撰寫,使讀者能簡易閱讀,清楚理解其內容。本方法嘗試定義英文論文的結構格式成為特定的模版,按著「模版」逐步填入論文本體。

英文學術論文發表由通常是一段冗長的學術行為,不僅要提出作者獨到的思維見解,透過實驗驗證,同時要參考其他研究學者已發表的論文,華人研究學者在英文寫作部分,由於不孰悉于學術英文寫作的表達,如何正確援引文獻的參考或適當的英文編寫指導,避免論文的瓢竊,透過語句學的方法或電腦文法檢查軟體編修語句,完成一篇通順的論文,期盼這種新的「萬用模版」寫作法能提供研究學者更輕鬆、更便利的寫作輔助工具。

通用訊號處理平台於增進高解析質譜分析蛋白體以及代謝體分析效能之發展應用與實作 (in Chinese)

  • 上課日期: 07 月 24 日(二)
    09:00~17:30
  • 主講人: Dr. 陳逸然 (副研究員, 農生中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

9:00~12:00

質譜學定量定性之概論

蛋白體定性及定量及定性之策略

UniQua於增進蛋白體定量定性以及定量之應用

代謝體定性及定量之分析之策略

imCorrect於增進代謝物定性定量之介紹

13:00~17:30

UniQua應用於TMT/iTRAQ定量蛋白體之展示與實作(Based on MASCOT system)

imCorrect應用於增進脂質代謝物定性定量能力之展示與實作


您可信賴的實驗室食譜 (in Chinese)

  • 上課日期: 07 月 30 日(一)
    10:30 ~ 11:30
  • 主講人: Mr. 程世仁 (Senior Account Manager, Wiley)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

實驗室所得出的結果奠定了現代科學的基礎,也是未來科學、科技發展與專利研 發不可流失的基礎。

什麼是實驗室操作手冊?

對您有什麼幫助?怎麼用?

上線操作


簡言之,Current Protocols就是科學家或是研究人員在實驗室的可靠食譜,他提供了詳細的步驟、器材清單、成份清單、可能遇到的問題,還有計算器、問題解決和說明為什麼,甚至還有圖表和影片,重點是內容都來自全世界最頂尖的研究室,再經同儕評鑑審查後才出版,重要性不可言喻!

本課程著重如何使用?相關好用的計算器?APP等,希望有大家的參與!

呂仁老師的推薦:https://www.youtube.com/watch?v=KpGbOfsSxjI
編輯的推薦:http://wileyasiablog.com/2014/08/13/current-protocols-tool-consistency-reliability-research/


R語言的介紹和應用 (in Chinese)

  • 上課日期: 08 月 08 日(三)
    09:00~17:00
  • 主講人: Dr.劉力瑜 (教授, 台灣大學農藝所)
  • 上課地點:資訊所新館106演講廳

上課日期:8/8、8/9、8/10 三天課程


請自行攜筆電前往參加。(筆電請先安裝好 R軟體 及 BioConductor)

Outline:

8/8 09:00-12:00 R introduction and data I/O