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2017 年教育訓練課程


  • 主題 1 :生物資訊之相關應用
  • 主題 2 :電子資源、資料庫、工具及書目管理軟體之使用教學

分子親源樹的建構 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 04 月 11 日(二)
    14:00~16:00
  • 主講人: Dr. 侯藹玲 (助理教授, 輔仁大學生命科學系)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

基於族群遺傳以及分子演化的理論,經由分子序列的比較分析可推估物種間或同源基因間的親源關係,同時可以估算分子演化速率,以及探討演化過程中基因及個體所受到的選拔壓力。目前已發展出多種分子親源樹的計算方法,各有其不同的演化模式與演算法。
本課程介紹分子演化分析的基本原理,以及常用建構親源樹的方法,包括:距離法、儉約法及最大概似法,並以實例演練MEGA7的操作。

植物版 Pathway Studio (PS) 教育訓練課程 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 04 月 14 日(五)
    09:00 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio 根據使用者需求分成Mammal 與 Plant版本,其中Pathway Studio Plant 專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理Pathway Studio Plant 以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫中之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析您也可以匯入各種基因表現數據,與現有資料庫或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並籍由這些資源加以延伸或探討未知領域


概要:

1.植物版 Pathway Studio 介紹
2.利用植物版PS進行資料查找
3.自行建構並繪製訊息傳遞路徑
4.上傳實驗數據
5.實驗數據分析


植物版 Pathway Studio (PS) 教育訓練課程 (in English) 問卷圖檔

  • 上課日期: 04 月 14 日(五)
    14:00 ~ 17:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio 根據使用者需求分成Mammal 與Plant版本,其中Pathway Studio Plant 專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理。Pathway Studio Plant 以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑。此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫中之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析。您也可以匯入各種基因表現數據,與現有資料庫或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並籍由這些資源加以延伸或探討未知領域。

概要:

1.植物版Pathway Studio 介紹
2.利用植物版PS進行資料查找
3.自行建構並繪製訊息傳遞路徑
4.上傳實驗數據
5.實驗數據分析


善用資源,成就未來-資料庫、電子期刊及投稿平台使用介紹 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 04 月 17 日(一)
    10:00~12:00
  • 主講人: Ms. 高令珊及Ms. 巫宜庭 (飛資得醫學資訊股份有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

此課程將介紹生圖訂購之資料庫電子期刊,以及BioMed Central出版社之投稿優惠(15%折扣),歡迎前來參加。

Outline


HST
1. HST 簡介
2. HST 優勢
3. 內容領域
4. HST 平台介紹
5. 特色服務
6. FAQ

JoVE
1. JoVE 簡介
2. 發展狀況及背景
3. 主題刊介紹
4. 平台介紹 & 使用
5. 使用者分享
6. FAQ

BMC
1. 什麼是 Open Access Journal
2. 有關 BioMed Central
3. 投稿流程說明
4. 會員網頁及其他討論

Ovid Medline
1. Ovid 平台瀏覽
2. 檢索方式


F1000生物醫學類核心論文評選教育訓練 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 04 月 18 日(二)
    10:30~11:30
  • 主講人: Ms. 黃宏如 (九如江記圖書有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Faculty of 1000 是生圖自2006年起引進之資料庫,特色是專門領域之專家學者,分門別類將世界上重要的生物醫學論文給予評論,並將論文分成卓越、必讀和推薦三類。

想更了解此資料庫嗎?趕快來報名上課哦!


Outline:

(1) F1000生物醫學類核心論文評選資料庫簡介
(2) 操作功能介紹: F1000Prime, F1000Research, F1000 Workspace

(3) 問答時間


F1000生物醫學類核心論文評選教育訓練 (in English)

  • 上課日期: 04 月 20 日(四)
    10:30~11:30
  • 主講人: Ms. 黃宏如 (九如江記圖書有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Faculty of 1000 是生圖自2006年起引進之資料庫,特色是專門領域之專家學者,分門別類將世界上重要的生物醫學論文給予評論,並將論文分成卓越、必讀和推薦三類。

想更了解此資料庫嗎?趕快來報名上課哦!


Outline:

(1) F1000生物醫學類核心論文評選資料庫簡介
(2) 操作功能介紹: F1000Prime, F1000Research, F1000 Workspace

(3) 問答時間


基因體定序 — NGS核心設施簡介、應用及實驗設計之考量 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 04 月 25 日(二)
    14:00~16:00
  • 主講人: Dr. 呂美曄 (研究副技師, 生多中心)
  • 上課地點:生醫所B1B會議室

This presentation will introduce the NGS capacity at the AS Core Facility and several common applications. The contents will focus on the NGS applications and issues related to experimental design and sample requirement.

Outline:

  • Introduction of the NGS core capacity
  • Principles of Genome-Seq (De Novo), ChIP-Seq, RNA-Seq, miRNA-Seq
  • General considerations of NGS experimental design and choice of platforms and read lengths
  • Sample requirement, submission, and QC
  • Data format and quality control

如何提昇研究競爭力-活用 WOS、JCR、DCI 及 ResearcherID (in Chinese)

  • 上課日期: 05 月 04 日(四)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

以新一代的Web of Science加速您的研究探索
1.瞭解最新相關研究動態
2.掌握相關研究之高被引文獻
3.分析相關研究歷年發展趨勢及h-index值
4.追蹤相關研究引用地圖脈絡
5.利用JCR選擇高品質期刊投稿
6.利用ResearcherID提高我的文章曝光率

以Data Citation Index加速研究數據取得及延伸研究資源
1.Data Citation Index收錄內容與特色
2.加速研究數據取得、避免重複實驗研究
3.探索國際 Repositories 與其存放的資料研究、資料集
4.追蹤研究資料與科學文獻連結與資料引用情形


Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 基礎課程 (in Chinese)

  • 上課日期: 05 月 09 日(二)
    09:00 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. IPA 介紹
2. 利用IPA 進行搜尋
3. 使用IPA 進行分子模型建構並繪製訊息傳遞路徑
4. Q & A


Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 基礎課程 (in English)

  • 上課日期: 05 月 09 日(二)
    14:00 ~ 17:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. IPA 介紹
2. 利用IPA 進行搜尋
3. 使用IPA 進行分子模型建構並繪製訊息傳遞路徑
4. Q & A


Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 進階課程 (in Chinese)

  • 上課日期: 05 月 16 日(二)
    09:00 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. 上傳實驗資料並使用 IPA 分析功能
2. IPA 分析結果介紹
3. 比較分析結果的差異
4. Q & A


Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 進階課程 (in English)

  • 上課日期: 05 月 16 日(二)
    14:00 ~ 17:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. 上傳實驗資料並使用 IPA 分析功能
2. IPA 分析結果介紹
3. 比較分析結果的差異
4. Q & A


動物與植物的對話- 如何善用生圖資料庫 (in Chinese)

  • 上課日期: 05 月 18 日(四)
    09:00~12:00
  • 主講人: Mr. 張克群 (飛資得知識服務股份有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)


Outline

09:00~09:50 ProQuest Natural Science
10:00~10:50 JSTOR Global Plants
11:00~11:50 BioOne


如何提昇研究競爭力-活用 WOS、JCR、DCI 及 ResearcherID (in English)

  • 上課日期: 06 月 01 日(四)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

以新一代的Web of Science加速您的研究探索
1.瞭解最新相關研究動態
2.掌握相關研究之高被引文獻
3.分析相關研究歷年發展趨勢及h-index值
4.追蹤相關研究引用地圖脈絡
5.利用JCR選擇高品質期刊投稿
6.利用ResearcherID提高我的文章曝光率

以Data Citation Index加速研究數據取得及延伸研究資源
1.Data Citation Index收錄內容與特色
2.加速研究數據取得、避免重複實驗研究
3.探索國際 Repositories 與其存放的資料研究、資料集
4.追蹤研究資料與科學文獻連結與資料引用情形


微陣列基因表達資料分析實務 (in Chinese)

  • 上課日期: 06 月 13 日(二)
    09:00~17:00
  • 主講人: Dr.劉力瑜 (副教授, 台灣大學農藝所)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

請自行攜筆電前往參加。(筆電請先安裝好 R軟體 及 BioConductor)

Outline:


09:00-12:00 Data preprocessing and hypothesis testing via AffylmGUI

14:00-17:00 Gene set analysis and network analysis

您可信賴的實驗室食譜 (in Chinese)

  • 上課日期: 06 月 16 日(五)
    10:30 ~ 11:30
  • 主講人: Mr. 程世仁 (Senior Account Manager, Wiley)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

什麼是實驗室指南?
在自然科學中,實驗室指南是事先定義的書面程序方法,用來將實驗室方法用在實驗室中,並保證成功複製研究結果。

什麼是Current Protocols?
27年來Current Protocols一直都是最可靠的實驗室參考資源,目前推出17種包含17000多種技術程序。
簡言之,Current Protocols就是科學家或是研究人員在實驗室的可靠食譜,他提供了詳細的步驟、器材清單、成份清單、可能遇到的問題,還有計算器、問題解決和說明為什麼,甚至還有圖表和影片,重點是內容都來自全世界最頂尖的研究室,再經同儕評鑑審查後才出版,重要性不可言喻!