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2018 年教育訓練課程


  • 主題 1 :生物資訊之相關應用
  • 主題 2 :電子資源、資料庫、工具及書目管理軟體之使用教學

R語言的介紹和應用 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 08 月 08 日(三)
    09:00~17:00
  • 主講人: Dr.劉力瑜 (教授, 台灣大學農藝所)
  • 上課地點:資訊所新館106演講廳

報名已額滿

上課日期:8/8、8/9、8/10 三天課程


請自行攜筆電前往參加。(筆電請先安裝好 R軟體 及 BioConductor)

Install R and BioConductor
•R download:
–Windows: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/R-3.5.1-win.exe
–Mac: https://cran.r-project.org/bin/macosx/R-3.5.1.pkg
Mac users: this course requiresXQuartz(https://www.xquartz.org/); it's your own responsibility to install XQuartzbefore the classes
–Run the executable file to install R
•To install BioConductor:
–Open R
–Type source("http://bioconductor.org/biocLite.R") and then biocLite()

Outline:

8/8 09:00-12:00 R introduction and data I/O
8/8 14:00-17:00 Commonly used hypothesis tests (I) - proportion / variance

8/9 09:00-12:00 Commonly used hypothesis tests (II) - mean / regression
8/9 14:00-17:00 Rmarkdown; 分組討論與報告分享

8/10 09:00-12:00 affylmGUI: affymetrix microarray 分析工具
8/10 14:00-17:00 WGCNA: 基因共表現網路分析工具

Protein Data Bank and Structure Display with PyMOL (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 08 月 14 日(二)
    10:00~12:00
  • 主講人: Ms. 孫慶姝 (生醫所)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
Outline:

The PDB archive contains all the information about 3D structures of proteins, nucleic acids and complex assembles. This lecture intends to demonstrate how to obtain and analyze structure information from this magnificent resource, along with the use of PyMOL to manipulate and visualize the 3D structures.

About the RCSB PDB and the PDB Archive
Searching for your structures
Looking at structures
Advanced applications in PDB
-Structure visualization NGL & JSmol viewers
-Structure comparison jFATCAT-rigid
-Drug target mapping DrugBank
-Protein-ligand interaction Ligand Explorer
PyMOL Basic Applications
PyMOL Advanced Applications

CLC Genomics workbench workshop-Basic Sessions (in Bilingual) 問卷圖檔

  • 上課日期: 08 月 15 日(三)
    09:30 ~ 16:45
  • 主講人: Mr. 王昀珩 (Senior Market Development Manager, Bioinformatics QIAGEN APAC)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
Day 1 - Aug 15 (Wednesday) - Basic Sessions
Time Topic
9:30 - 9:40 Introduction for CLC Genomics workbench
9:40 - 10:30 Software Download, installation and activation. Data import and plugin installation
10:30 - 10:40 Break
10:40 - 12:00 Reference Mapping (resequencing), variant detection, workflow design (1)
12:00 - 13:30 Lunch Break
13:30 - 14:45 Reference Mapping (resequencing), variant detection, workflow design (2)
14:45 - 15:00 Break
15:00 - 16:30 RNA-seq analysis
16:30 - 16:45 Q & A
生圖並未訂購此軟體報名人數眾多,將採以一實驗室為單位優先錄取。

CLC Genomics workbench workshop-Advanced Sessions (in Bilingual) 問卷圖檔

  • 上課日期: 08 月 17 日(五)
    09:30 ~ 16:40
  • 主講人: Mr. 王昀珩 (Senior Market Development Manager, Bioinformatics QIAGEN APAC)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
Day 2 - Aug 17 (Friday) - Advanced Sessions
Time Topic
9:30 - 10:30 De novo assembly
10:30 - 10:40 Break
10:40 - 12:00 De novo assembly for transcriptome
12:00 - 13:30 Lunch Break
13:30 - 15:00 Metagenome data analysis (1)
15:00 - 15:10 Break
15:10 - 16:30 Metagenome data analysis (2)
16:30 - 16:40 Q & A
生圖並未訂購此軟體報名人數眾多,將採以一實驗室為單位優先錄取。

Protein Data Bank and Structure Display with PyMOL (in English)

  • 上課日期: 09 月 05 日(三)
    14:00~16:00
  • 主講人: Ms. 孫慶姝 (生醫所)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
Outline:

The PDB archive contains all the information about 3D structures of proteins, nucleic acids and complex assembles. This lecture intends to demonstrate how to obtain and analyze structure information from this magnificent resource, along with the use of PyMOL to manipulate and visualize the 3D structures.

About the RCSB PDB and the PDB Archive
Searching for your structures
Looking at structures
Advanced applications in PDB
-Structure visualization NGL & JSmol viewers
-Structure comparison jFATCAT-rigid
-Drug target mapping DrugBank
-Protein-ligand interaction Ligand Explorer
PyMOL Basic Applications
PyMOL Advanced Applications

ELSEVIER Pathway Studio® Plant 教育訓練 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 06 日(四)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Mr. 陳冠文 (經理, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio根據使用者需求分成Mammal與Plant版本,其中Pathway Studio Plant專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理。Pathway Studio Plant以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑,此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析。您也可以匯入各種基因表現數據,如qPCR、Microarray或RNA-Seq等,與現有資料或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並藉由這些資源加以延伸研究或探討未知領域。
特點:
1.資料來自超過350萬篇全文,讓您對您的數據比對結果更有自信
2.MedScan專利技術與專業text-mining團隊,效率高避免人工索引不一致的結果
3.知識庫每週更新,品質值得信賴
4.使用介面清楚易懂,操作簡單
5.可藉由Pathway build工具搜尋Entity間的作用關係
6.自動化分析功能提供使用者上傳與分析in house實驗資料
7.可於訊息路徑上繪製各式植物特有細胞胞器,並輸出高解析度圖像

IPA基礎教育訓練 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 06 日(四)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Ms. 蔡宜庭 (工程業務專員, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA )生物路徑分析軟體包含可信的資料來源及分析演算法,為目前全球系統生物學與訊息路徑分析領導品牌,不僅廣泛地被許多科研團體採用,在許多學術期刊中也大量地被引用。

在IPA資料庫中,其資訊為每周更新,並在分析結果提供原始文獻出處,且其文獻資訊為博士級人員人工閱讀,從而提供最正確最詳盡的生物學數據分析解決方案。而在實驗結果分析或是分子搜尋上,IPA不僅能演示單一變因實驗之分子調控,也能整合不同細胞層級之分析數據,如RNA-seq、miRNA和SNP之實驗資料、代謝體學分析及蛋白質體學分析等,讓您在完整的生物系統背景下識別新的目標基因或候選生物標記,顯現出“體學數據” 之重要性。
在IPA生物路徑分析軟體當中,其分析功能可分為資訊查詢以及數據分析服務,在查詢的部分,您可以透過IPA收錄的數百萬筆生物資訊,快速尋找您感興趣的基因、疾病及分子調控方式。而在分子數據意義分析上,IPA提供多樣的分析與結果表示方式,包含生物訊息核心分析(Core Analysis),使用者可將實驗中的基因體、轉錄體或者蛋白質體資料上傳至IPA,並且透過篩選工具選擇出關注分子,利用IPA尋找相關的生物路徑或者疾病與細胞功能。而比較分析(Compare Analyses) 可利用Heatmap同時瀏覽多筆資料的,將結果進行全面性的比較。

IPA基礎教育訓練 (in English)

  • 上課日期: 09 月 10 日(一)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Ms. 蔡宜庭 (工程業務專員, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA )生物路徑分析軟體包含可信的資料來源及分析演算法,為目前全球系統生物學與訊息路徑分析領導品牌,不僅廣泛地被許多科研團體採用,在許多學術期刊中也大量地被引用。

在IPA資料庫中,其資訊為每周更新,並在分析結果提供原始文獻出處,且其文獻資訊為博士級人員人工閱讀,從而提供最正確最詳盡的生物學數據分析解決方案。而在實驗結果分析或是分子搜尋上,IPA不僅能演示單一變因實驗之分子調控,也能整合不同細胞層級之分析數據,如RNA-seq、miRNA和SNP之實驗資料、代謝體學分析及蛋白質體學分析等,讓您在完整的生物系統背景下識別新的目標基因或候選生物標記,顯現出“體學數據” 之重要性。
在IPA生物路徑分析軟體當中,其分析功能可分為資訊查詢以及數據分析服務,在查詢的部分,您可以透過IPA收錄的數百萬筆生物資訊,快速尋找您感興趣的基因、疾病及分子調控方式。而在分子數據意義分析上,IPA提供多樣的分析與結果表示方式,包含生物訊息核心分析(Core Analysis),使用者可將實驗中的基因體、轉錄體或者蛋白質體資料上傳至IPA,並且透過篩選工具選擇出關注分子,利用IPA尋找相關的生物路徑或者疾病與細胞功能。而比較分析(Compare Analyses) 可利用Heatmap同時瀏覽多筆資料的,將結果進行全面性的比較。

學術論文的開放近用及投稿陷阱 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 11 日(二)
    10:00 ~ 11:30
  • 主講人: Dr. 黃舒宜 (專案助理研究員, 臺灣大學醫學院附設醫院醫學研究部)
  • 上課地點:生醫所B1B會議室

大綱

I. 什麼是Open access

1.知識的成本

2.Open Access的成長

3.Creative Commons 授權

4.Open Access模式

5.APC Price list和出版成本

6.誰來付帳?

7.New business models: 會員制/付錢給作者

II.Open Access 衍生出來的問題

1.Hijacked Journals

2.Predatory journals and publishers

3.科學家的逆襲(一): Conference abstract

4.科學家的逆襲(二): Fake papers

5.科學家的逆襲(三): Join the editorial board

6.科學家的逆襲(四): Create your own journal

7.“The List”: Beall’s list, DOAJ, India, Cabell’s lists.

III. 失落的影響因子

1.Medicine的跌停板

2.Oncotarget

3.Oncogene

IV. Mega Journals

1.定義和特色

2.Review Guidelines

3.2012-2017刊登的文章數比較

4.多層次出版模式

5.劣質OA出版的影響

V. 結語: Open Access, Open Science


IPA進階教育訓練 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 19 日(三)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 蔡宜庭 (工程業務專員, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
利用IPA進階功能模組於多體學分析之應用
QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis生物路徑分析軟體包含可信的資料來源及分析演算法,為目前全球系統生物學與訊息路徑分析領導品牌,不僅廣泛地被許多科研團體採用,在許多學術期刊中也大量地被引用。在實驗結果分析或是分子搜尋上,IPA不僅能演示單一變因實驗之分子調控,也能整合不同細胞層級之分析數據,如RNA-seq、miRNA和SNP之實驗資料、代謝體學分析及蛋白質體學分析等,讓您在完整的生物系統背景下識別新的目標基因或候選生物標記,顯現出“體學數據” 之重要性。
另外,IPA的數據分析和解釋建立在QIAGEN知識庫的基礎上,因應日趨複雜的生物作用類型以及更大量的體學數據量分析,QIAGEN推出了“IPA進階功能模組”以面對下一階段的訊息路徑分析需求。IPA進階功能模組包括Causal Network Analysis、BioProfiler、IsoProfiler、Relationship Export、Analysis Match及PhosphoProteomics Analysis,延伸的工具組旨在幫助您能更快速且精準的了解疾病、基因和上游監管機構網絡之間的因果聯繫。

在本次IPA教育課程當中,創源生技將進行IPA進階功能模組於多體學分析之教程,並實際上機演示變異體分析以及磷酸化蛋白質體分析之應用範例,邀請所有中央科學研究院IPA使用者一同深入了解更高階的訊息路徑分析工具帶來的效益。在本次課程中也開放問題討論,無論是在操作或資料釋義上,或是將IPA進階功能模組於多體學分析直接導入您的目標研究當中,我們都可以做及時的幫助及討論。不僅讓您對IPA功能更加了解,也讓IPA成為研究實驗之最佳利器,讓您在分析上以最短的時間達到最佳成果。

ELSEVIER Pathway Studio® Plant 教育訓練 (in English)

  • 上課日期: 09 月 19 日(三)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Mr. 陳冠文 (經理, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio根據使用者需求分成Mammal與Plant版本,其中Pathway Studio Plant專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理。Pathway Studio Plant以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑,此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析。您也可以匯入各種基因表現數據,如qPCR、Microarray或RNA-Seq等,與現有資料或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並藉由這些資源加以延伸研究或探討未知領域。
特點:
1.資料來自超過350萬篇全文,讓您對您的數據比對結果更有自信
2.MedScan專利技術與專業text-mining團隊,效率高避免人工索引不一致的結果
3.知識庫每週更新,品質值得信賴
4.使用介面清楚易懂,操作簡單
5.可藉由Pathway build工具搜尋Entity間的作用關係
6.自動化分析功能提供使用者上傳與分析in house實驗資料
7.可於訊息路徑上繪製各式植物特有細胞胞器,並輸出高解析度圖像

如何提昇研究競爭力-活用 WOS、JCR及 ResearcherID (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 21 日(五)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

以新一代的Web of Science加速您的研究探索
1.瞭解最新相關研究動態
2.掌握相關研究之高被引文獻
3.分析相關研究歷年發展趨勢及h-index值
4.追蹤相關研究引用地圖脈絡
5.利用JCR選擇高品質期刊投稿
6.利用ResearcherID提高我的文章曝光率


IPA進階教育訓練 (in English)

  • 上課日期: 10 月 03 日(三)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Ms. 蔡宜庭 (工程業務專員, 創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
利用IPA進階功能模組於多體學分析之應用
QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis生物路徑分析軟體包含可信的資料來源及分析演算法,為目前全球系統生物學與訊息路徑分析領導品牌,不僅廣泛地被許多科研團體採用,在許多學術期刊中也大量地被引用。在實驗結果分析或是分子搜尋上,IPA不僅能演示單一變因實驗之分子調控,也能整合不同細胞層級之分析數據,如RNA-seq、miRNA和SNP之實驗資料、代謝體學分析及蛋白質體學分析等,讓您在完整的生物系統背景下識別新的目標基因或候選生物標記,顯現出“體學數據” 之重要性。
另外,IPA的數據分析和解釋建立在QIAGEN知識庫的基礎上,因應日趨複雜的生物作用類型以及更大量的體學數據量分析,QIAGEN推出了“IPA進階功能模組”以面對下一階段的訊息路徑分析需求。IPA進階功能模組包括Causal Network Analysis、BioProfiler、IsoProfiler、Relationship Export、Analysis Match及PhosphoProteomics Analysis,延伸的工具組旨在幫助您能更快速且精準的了解疾病、基因和上游監管機構網絡之間的因果聯繫。

在本次IPA教育課程當中,創源生技將進行IPA進階功能模組於多體學分析之教程,並實際上機演示變異體分析以及磷酸化蛋白質體分析之應用範例,邀請所有中央科學研究院IPA使用者一同深入了解更高階的訊息路徑分析工具帶來的效益。在本次課程中也開放問題討論,無論是在操作或資料釋義上,或是將IPA進階功能模組於多體學分析直接導入您的目標研究當中,我們都可以做及時的幫助及討論。不僅讓您對IPA功能更加了解,也讓IPA成為研究實驗之最佳利器,讓您在分析上以最短的時間達到最佳成果。

EndNote X8 (in Chinese)

  • 上課日期: 10 月 05 日(五)
    09:30~ 12:00
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

EndNote是目前全球最受歡迎的書目管理軟體,可輕鬆匯入或建立參考書目,協助使用者有效管理所搜集到的參考文獻。在寫作的同時,使用者可搭配Cite While You Write功能,輕鬆引用書目與產生參考書目格式,免於格式編修的困擾,加速發表流程。X8是剛推出之最新版本,歡迎前來參加課程!

Outline

  • 安裝說明與工具介面介紹
  • 匯入書目文獻
  • 群組分類管理
  • 寫作功能搭配
  • 資料備份與分享

如何提昇研究競爭力-活用 WOS、JCR及 ResearcherID (in English)

  • 上課日期: 10 月 29 日(一)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Outline

以新一代的Web of Science加速您的研究探索
1.瞭解最新相關研究動態
2.掌握相關研究之高被引文獻
3.分析相關研究歷年發展趨勢及h-index值
4.追蹤相關研究引用地圖脈絡
5.利用JCR選擇高品質期刊投稿
6.利用ResearcherID提高我的文章曝光率


EndNote X8 (in English)

  • 上課日期: 11 月 09 日(五)
    14:00 ~ 16:30
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

EndNote是目前全球最受歡迎的書目管理軟體,可輕鬆匯入或建立參考書目,協助使用者有效管理所搜集到的參考文獻。在寫作的同時,使用者可搭配Cite While You Write功能,輕鬆引用書目與產生參考書目格式,免於格式編修的困擾,加速發表流程。X8是剛推出之最新版本,歡迎前來參加課程!

Outline

  • 安裝說明與工具介面介紹
  • 匯入書目文獻
  • 群組分類管理
  • 寫作功能搭配
  • 資料備份與分享