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2017 年教育訓練課程


  • 主題 1 :生物資訊之相關應用
  • 主題 2 :電子資源、資料庫、工具及書目管理軟體之使用教學

A Practical Guide to The Arabidopsis Information Resource (TAIR) (in Bilingual) 問卷圖檔

  • 上課日期: 08 月 01 日(二)
    10:00 ~ 12:00
  • 主講人: Dr. 陳荷明 (助研究員, 農生中心)
  • 上課地點:農科大樓A134會議室

Since the Arabidopsis genome was finished in year 2000, the information derived from intensive studies of this plant model organism has been accumulated rapidly. The Arabidopsis Information Resource (TAIR) is a database providing comprehensive and up-to-date genetic and molecular biology data of Arabidopsis on a genome-wide scale.
This workshop will demonstrate how to interpret, retrieve and analyze various data types with the use of TAIR.
1. DNA analysis: cis-element, polymorphism, DNA methylation
2. RNA analysis: splicing, expression, plant ontology, small RNA, degradome
3. Protein analysis: domain, localization, modification, protein-protein interaction
4. Function analysis: gene ontology
5. Pathway analysis: AraCyc Pathways
6. Others: seed stock, ftp download


治療應用再進化: 從交互作用網路探討蘊含的生物意義 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 08 月 15 日(二)
    14:00- 16:30
  • 主講人:
  • 上課地點:生醫所B1B會議室
1. 利用IPA上游調控因子分析來解讀基因表現的隱藏訊息 / 基因體中心 Dr.冉毅驊(博士後研究員)
2. 利用IPA探討植化素的藥理活 / 農生中心 Dr.尹書翊(博士後研究員)
3. 探討調控子宮內膜癌轉移進程中的潛在免疫因子 / 創源生技 Ms.洪千琇(IPA 分析師)
4. IPA於代謝亢進病理研究之應用 / 生醫所 Dr.沈麗芬(博士後研究員)
5. 數位DNA/RNA定序技術能提供高準確性與敏感性的Biomarker檢測與定量 / Mr.陳立德(Technical Product Specialist, SAS Taiwan)

Reaxys 化學資料庫教育訓練 (in English)

  • 上課日期: 08 月 22 日(二)
    14:00~16:00
  • 主講人: 梁成芝小姐 (Solution Sales Manager, Elsevier)
  • 上課地點:化學所A108室
化學所圖書館主辦,生圖協辦

REAXYS高品質的內容 www.reaxys.com (Reaxys簡介資料係由Elsevier公司提供)
REAXYS化學資料庫集結有機化學(CrossFire)、無機化學及有機金屬化學(Gmelin)三大資料庫,並涵蓋世界、美國及歐洲三大專利資料庫,資料內容均來自”經實驗驗證”的高品質文獻(均非計算資料)。
REAXYS在內容上更整合PubChem(提供有機小分子生物活性數據)及eMolecules(提供原料藥品購買資訊)。 此外,除原有三大重要功能:自動合成工具(Auto plan)、視覺化分析系統(Analysis view)以及多樣化結果輸出功能(Report)外,並新增:週期表分子式建立系統(Formula Builder) 以及合金搜尋指令(Alloy Query Builder)/智慧型快速搜尋欄位(Ask Reaxys)及Reaxys詞彙索引系統(Reaxys Tree),全方位支援您的研究!

Reaxys 化學資料庫教育訓練 (in Chinese)

  • 上課日期: 08 月 22 日(二)
    10:00~12:00
  • 主講人: 梁成芝小姐 (Solution Sales Manager, Elsevier)
  • 上課地點:化學所A108室
化學所圖書館主辦,生圖協辦

REAXYS高品質的內容 www.reaxys.com (Reaxys簡介資料係由Elsevier公司提供)
REAXYS化學資料庫集結有機化學(CrossFire)、無機化學及有機金屬化學(Gmelin)三大資料庫,並涵蓋世界、美國及歐洲三大專利資料庫,資料內容均來自”經實驗驗證”的高品質文獻(均非計算資料)。
REAXYS在內容上更整合PubChem(提供有機小分子生物活性數據)及eMolecules(提供原料藥品購買資訊)。 此外,除原有三大重要功能:自動合成工具(Auto plan)、視覺化分析系統(Analysis view)以及多樣化結果輸出功能(Report)外,並新增:週期表分子式建立系統(Formula Builder) 以及合金搜尋指令(Alloy Query Builder)/智慧型快速搜尋欄位(Ask Reaxys)及Reaxys詞彙索引系統(Reaxys Tree),全方位支援您的研究!

EBSCO電子書的使用教學 (in Chinese) 問卷圖檔

  • 上課日期: 08 月 22 日(二)
    10:30 ~ 11:30
  • 主講人: Mr. 施宏明 (EBSCO)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)
1.EBSCO 電子書簡介
2.如何線上使用EBSCO 電子書
3.如何下載EBSCO 電子書離線閱讀
4.上機操作
5.問與答

EndNote X8 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 07 日(四)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

EndNote是目前全球最受歡迎的書目管理軟體,可輕鬆匯入或建立參考書目,協助使用者有效管理所搜集到的參考文獻。在寫作的同時,使用者可搭配Cite While You Write功能,輕鬆引用書目與產生參考書目格式,免於格式編修的困擾,加速發表流程,歡迎前來參加課程!

Outline

  • 安裝說明與工具介面介紹
  • 匯入書目文獻
  • 群組分類管理
  • 寫作功能搭配
  • 資料備份與分享
  • 含實作練習

Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 基礎課程 (in English)

  • 上課日期: 09 月 13 日(三)
    14:00 ~ 17:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. IPA 介紹
2. 利用IPA 進行搜尋
3. 使用IPA 進行分子模型建構並繪製訊息傳遞路徑
4. Q & A


Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 基礎課程 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 13 日(三)
    09:00 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. IPA 介紹
2. 利用IPA 進行搜尋
3. 使用IPA 進行分子模型建構並繪製訊息傳遞路徑
4. Q & A


ClinVar臨床基因檢測資料庫介紹 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 15 日(五)
    10:00~12:00
  • 主講人: Dr. 徐唯哲 (研究副技師, 分生所)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

1. 何謂精準醫療/個人化醫療
2. NGS 主要流程及介紹
3. ClinVar六項特色
4. 操作ClinVar以及下載資料
5. 建立疾病與基因檢測資料庫


Mendeley - 文獻管理及學術評鑑工具 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 19 日(二)
    10:00 ~ 12:00
  • 主講人: Mr. 唐允中 (Elsevier)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

1.匯整從圖書館館藏目錄、資料庫、電子期刊、網路資源等管道蒐集而來的資料。
2.將蒐集到的資料便利地搜尋與分類管理。
3.與論文撰寫結合,簡化引用與撰寫參考文獻格式的作業,可利用 CSL Editor建立新的文獻格式。
4.將書目、全文、個人閱讀筆記等各種相關檔案作串連。 可註記、強調和加標簽在您下載的檔案中。
5.具研究社群功能,您可建立私人或受邀群組和您的研究小組、實驗室成員或班上同學分享文章和註記。
6.您可在Mendeley閱讀的新議題,發現正在進行的研究,追蹤書目,並參與公開群組的討論。

Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 進階課程 (in English)

  • 上課日期: 09 月 22 日(五)
    14:00 ~ 17:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. 上傳實驗資料並使用 IPA 分析功能
2. IPA 分析結果介紹
3. 比較分析結果的差異
4. Q & A


Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 進階課程 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 22 日(五)
    09:00 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)為目前世界上內容最完整、註解最精確的分子醫學分析軟體暨資料庫。其內容是由數百位博士級研究人員,定期研讀且更新數千種知名期刊上所發表之文獻,並整合超過20種第三方生命科學資料庫,以系統生物學原理彙整、建構複雜分子網路。目前許多國際知名藥廠及研究機構皆採用IPA作為基因體學、蛋白質體學、藥物毒理學、臨床實驗、代謝與調控路徑、與疾病等研究之分析與開發工具,至今已輔助許多研究機構發表超過10,000篇專業文獻於知名期刊上,如Nature、Science、Cancer Research、PNAS等。研究人員可藉由IPA搜尋或是上傳實驗資料所得之分析結果,迅速地找出基因、藥物、與生物代謝路徑或致病因子之間的關係,以獲得新知。生物與化學資訊之完美整合,為Omics Era 系統生物學與生命科學研究不可或缺之必備工具。

大綱:

1. 上傳實驗資料並使用 IPA 分析功能
2. IPA 分析結果介紹
3. 比較分析結果的差異
4. Q & A


植物版 Pathway Studio (PS) 教育訓練課程 (in English)

  • 上課日期: 09 月 27 日(三)
    14:00 ~ 17:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio 根據使用者需求分成Mammal 與Plant版本,其中Pathway Studio Plant 專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理。Pathway Studio Plant 以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑。此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫中之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析。您也可以匯入各種基因表現數據,與現有資料庫或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並籍由這些資源加以延伸或探討未知領域。

概要:

1.植物版Pathway Studio 介紹
2.利用植物版PS進行資料查找
3.自行建構並繪製訊息傳遞路徑
4.上傳實驗數據
5.實驗數據分析


植物版 Pathway Studio (PS) 教育訓練課程 (in Chinese)

  • 上課日期: 09 月 27 日(三)
    09:00 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 洪千琇 (創源生技分子視算中心)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢,擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio 根據使用者需求分成Mammal 與 Plant版本,其中Pathway Studio Plant 專為植物科學家設計,整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具,協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係,可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理Pathway Studio Plant 以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物,內建許多條訊號路徑與代謝路徑此外,Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係,已獲得高品質的知識數據,且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫中之資料,確保使用者能隨時以最新資料進行分析您也可以匯入各種基因表現數據,與現有資料庫或未發表資料做比對,使科學家方便於研究並籍由這些資源加以延伸或探討未知領域


概要:

1.植物版 Pathway Studio 介紹
2.利用植物版PS進行資料查找
3.自行建構並繪製訊息傳遞路徑
4.上傳實驗數據
5.實驗數據分析


EndNote X8 (in English)

  • 上課日期: 10 月 17 日(二)
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 柯佳伶 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

EndNote是目前全球最受歡迎的書目管理軟體,可輕鬆匯入或建立參考書目,協助使用者有效管理所搜集到的參考文獻。在寫作的同時,使用者可搭配Cite While You Write功能,輕鬆引用書目與產生參考書目格式,免於格式編修的困擾,加速發表流程,歡迎前來參加課程!

Outline

  • 安裝說明與工具介面介紹
  • 匯入書目文獻
  • 群組分類管理
  • 寫作功能搭配
  • 資料備份與分享
  • 含實作練習

EndNote X8進階課程 (in Chinese)

  • 上課日期: 11 月 02 日(四)
    10:00 ~ 12:00
  • 主講人: Mr. 林庚賢 (碩睿資訊有限公司)
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

EndNote是目前全球最受歡迎的書目管理軟體,可輕鬆匯入或建立參考書目,協助使用者有效管理所搜集到的參考文獻。在寫作的同時,使用者可搭配Cite While You Write功能,輕鬆引用書目與產生參考書目格式,免於格式編修的困擾,加速發表流程,歡迎前來參加課程!


巨量核酸序列高效能分析平台介紹與入門操作 (in Chinese)

  • 上課日期: 11 月 13 日(一)
    09:30 ~ 16:30
  • 主講人: Dr. 王聿泰 (助理研究員, 國研院國家高速網路與計算中心 )
  • 上課地點:人文館遠距會議室 (3F)

分析基因體定序資料時可能對於傳統生物實驗室資訊設備產生挑戰。國家高速網路與計算中心從高速計算主機切分出生醫專屬資源,提供給國內生命科學、醫學與農業領域使用。此項資源,不但可以用於基因體定序後組裝與註解分析之用,也很適合用來分析蛋白質結構。由於分析上述兩項研究資料之公眾領域軟體,大部分執行在Linux環境,而生命科學領域對於以命令列方式操作Linux系統並不熟悉,此項課程設計,讓未受過資訊訓練的從事生物實驗人員,進一步了解資料分析時應具備的電腦操作技巧。同時,也讓熟悉生物資訊分析的研究人員進一步了解生醫領域之專用計算資源,可讓您熟悉批次運行大量的指令,縮短等候計算工作的時間。本項入門課程,主要將介紹基本指令,使用者可根據自身需要,修改指令或範例檔內容,則有可能上手操作,完成分析工作。課程內容將會介紹科技部生技醫藥核心設施平台之服務、基本的Linux環境,大型主機派送計算工作的操作方式,並提供簡單範例,上機練習之機會。