教育訓練課程

利用IPA進階功能模組於多體學分析之應用 (in Chinese)

  • 日期: 05 月 24 日 四
    09:30 ~ 12:00
  • 主講人: Ms. 蔡宜庭 (工程業務專員, 創源生技分子視算中心)
  • 地點:人文館遠距會議室 (3F)
IPA的數據分析和解釋建立在QIAGEN知識庫的基礎上,因應日趨複雜的生物作用類型以及更大量的體學數據量分析,QIAGEN推出了“IPA進階功能模組”以面對下一階段的訊息路徑分析需求。
在本次IPA教育課程當中,創源生技將進行IPA進階功能模組於多體學分析之教程,並實際上機演示變異體分析(Isoprofiler Analysis) ,磷酸化蛋白質體分析(Phosphoproteomics Analysis)以及實驗結果分析匹配(Analysis match)之應用範例。

在變異體分析(Isoprofiler Analysis)當中,我們的應用範例為EEC子宮內膜癌與HCC肝癌之病人腫瘤細胞與正常細胞之RNA-seq之dataset。在此次演示中,我們希望透過Isoprofiler,快速篩選實驗中目標興趣之Isoform。通過簡單的條件設定,我們能夠與特定Isoform相關之疾病; 或了解在癌症組及正常組,表現量最高之Isoform是否改變,並透過與GTEx資料庫的整合,提供各Isoform在各組織的表現量,讓我們在實驗後可以輕易了解在你的實驗當中,是否有特定的Isoform具有明顯的表現值。另外在分析之後,IPA不僅詳細記誌了各基因資訊提供您快速了解,也提供Isoprofiler finding,根據特定Isoform想進行更深入的了解及特性篩選,Isoprofiler finding提供您簡單的頁面及操作方式,快速篩選出您目標之Isoform。

另外,在磷酸化蛋白分析(Phosphoproteomics Analysis)當中,我們的應用範例是以葡萄球菌分泌之毒素Alpha toxin攻擊人體呼吸道支氣管上皮細胞株S9 cell之磷酸化蛋白分析dataset。透過細胞株之磷酸化蛋白分析,我們可以瞭解在細胞受到毒理攻擊時,會有那些分子調控路徑被激活,並影響下游之疾病及上游分子表現。IPA在分子顯示上以顏色標誌方式來表示磷酸化後文獻支持的蛋白質表現。根據IPA磷酸化蛋白分析結果,我們可以根據分析結果了解在Alpha toxin攻擊後,S9細胞株或會被激活何種生化路徑來反應,藉此了解Alpha toxin可能調控及參與的分子路徑。

在分析設定結束後,IPA通過結合Omicsoft資料庫,提供實驗結果分析匹配(Analysis match)結果。將您的實驗結果與Omicsoft提供之8100多比已分析完成之dataset做比較,根據您實驗組的相似關係度,Analysis match為您找出最相似至最不相似之實驗分析結果。在Omicsoft其他分析的支持底下,您可以為自己的假說建立更多信心來源,或是根據他人的實驗結果發現意料外的可能結果。此應用範例為db/db diabetic liver transcriptomic dataset,利用Analysis match,我們可以深入了解您實驗結果的生物學機制,並根據大量共享數據所獲取的資訊建立假說與全新的實驗見解。

不只是讀Paper,現在流行”看”Paper (in Chinese)

  • 日期: 05 月 30 日 三
    14:00-15:30
  • 主講人: Ms. 李紹廸 (飛資得資訊)
  • 地點:人文館遠距會議室 (3F)

課程大綱:

本次課程我們將從研究資源的視覺化趨勢來看圖書館訂閱資源的最新面貌,同時介紹如何透過投稿來提升研究國際能見度。內容如下:

  1. 研究資源視覺化趨勢:看HSTalks如何和國際大師面對面
    • HSTalks - The Biomedical & Life Sciences Collection生物醫學與生命科學影音資料庫廣邀世界級生醫領域的專家學者及諾貝爾得主,就基因學到分子生物學的基礎理論,甚至到臨床上的疾病成因到治療,展開專業的線上講座。不用趕飛機搶飯店,在圖書館就可以身歷其境!
  2. 傳統也可以創新:在Ovid期刊查全文圖片影像無障礙
    • Ovid平台上的期刊,不只是可以查詢全文和參考文獻,連圖表影片都可以單獨查詢,提供全方位的檢索角度。除此之外,更可以直接下載,教學自用兩相宜!
  3. 一起來自拍投稿學術期刊:將實驗技術影像化的期刊JoVE
    • JoVE是第一個採用同儕評論、並被PubMed收錄的影片期刊。面對科學研究中實驗複製困難及學習新技術需耗費大量時間精力的挑戰,JoVE提供更有效率的知識傳播形式!按圖索驥Bye!瞎子摸象Bye!Bye!
  4. 憑實力在國際發聲:投稿最大開放存取出版商BioMed Central提升能見度
    • 全世界每月有超過700萬讀者造訪的BioMed Central,是全球最大的同儕評閱開放取用期刊出版商之一,出版的期刊有六成以上具備期刊影響指數。想要讓國際學術社群看見你的畢生心血嗎?就來看看如何在BioMed Central投稿吧!
影音服務
5/9 如何提昇研究競爭力-活用 WOS、JCR及 ResearcherID (in English)
5/10 掌握生命科學研究的趨勢脈動: ProQuest Natural Science Collection (in Chinese)
5/11 Master research trends in life sciences: ProQuest Natural Science Collection (in English)
5/11 基因體定序 — NGS核心設施簡介、應用及實驗設計之考量 (in Chinese)
5/15 ELSEVIER Pathway Studio® Plant 教育訓練 (in Chinese)
生命組演講公告
講題:The immune modulators derived from nordihydroguaiaretic acid increase the humoral immunity against tumor
主講者:林于鈴博士 (Assistant Research Fellow, Center for Bioinformatics Research, Department of Biological Science and Technology, National Chiao Tung University, Taiwan)
時間:2018年5月22日(星期二) 上午10時
地點:農業科技大樓A134會議室
主持人:Dr. 徐麗芬 (農生中心研究員)
講題:Cellular Dynamics: Synthetic Perturbation & Custom Design
主講者:Dr. Ping Wei
時間:2018年5月22日(星期二) 上午11時
地點:分生所1樓演講廳
主持人:Dr. 呂俊毅 (分生所研究員)
講題:Cross-seeding as a Critical Mechanism for Mental Disorders in Neuropsychiatric Diseases
主講者:Dr. Motomasa Tanaka (RIKEN Center for Brain Science, Japan)
時間:107年5月23日(星期三)下午3時30分
地點:本院基因體研究中心1樓演講廳
講題:Strategic translation for optimized growth fitness
主講者:Dr. 吳素幸 (植微所研究員)
時間:2018年5月24日(星期四) 下午2時
地點:農科大樓 A134會議室
主持人:Dr. 陳榮芳 (植微所研究員)
講題:The biology of lipid droplets at a glance
主講者:Dr. 王昭雯 (植微所副研究員)
時間:2018年5月25日(星期五) 上午11時
地點:農科大樓 A134會議室
講題:Regulatory network behind endodermal differentiation in plants
主講者:吳雙博士(中國福建農林大學園藝生物學及代謝組學中心教授)
時間:2018年5月28日(星期一) 上午10時30分
地點:農業科技大樓A134會議室
主持人:Dr. 邱子珍 (農生中心研究員)
講題:tRNAomics and Ribosome Profiling: A New Insight into Nascent Peptide Synthesis and Their Implications for Translation Study
主講者:Dr. Chien-Wen Chen
時間:2018年5月28日(星期一) 上午11時
地點:分生所1樓演講廳
主持人:Dr. 顏雪琪 (分生所副研究員)
講題:Harnessing structures and dynamics of biomolecules for computational drug discovery
主講者:林榮信, Ph.D. (生醫所合聘研究員)
時間:2018年5月28日(星期一) 上午11時
地點:生醫所地下室B1B會議室
主持人:Dr. 黃明經 (生醫所研究員)
講題:On fungal social behaviors: To fuse, or not to fuse, that is the question
主講者:Dr. Pedro Goncalves
時間:2018年5月31日(星期四) 上午11時
地點:分生所1樓演講廳
主持人:Dr. 薛雁冰 (分生所助研究員)
講題:Genome-Guided Methods for Discovering New Natural Product from Fungi
主講者:Dr. Yi Tang (University of California, USA)
時間:107年5月31日(星期四)下午3時
地點:本院基因體研究中心1樓演講廳
講題:Fungal-Host Interactions: Opportunities for Bioactive Molecule Discovery and Advancing Natural Product Biosynthesis
主講者:Dr. Yit-Heng Chooi (澳洲西澳大學分子科學院講師)
時間:2018年5月31日(星期四) 下午4時30分
地點:基因體研究中心1樓演講廳
主持人:林曉青助研究員
研討會資訊
主講人:吳世雄特聘研究員(本院生物化學研究所)
主持人:劉扶東副院長
時 間:107年5月29日(星期二) 晚上7:00-9:00
地 點:本院學術活動中心2樓第1會議室
影音直播網址:http://app.sinica.edu.tw/videosrv/online.php
請於5月28日前報名
洽詢專線:(02)2789-9726,院本部秘書處吳小姐。
本系列演講由 19 位本院第 31 屆新科院士就其專業領域發表演說。 新科院士演講活動相關網頁:http://daais.sinica.edu.tw/snea/
6 月 8 日人文及社會科學組新科院士演講(人文館三樓第一會議室)
報名網址: https://goo.gl/forms/L6bu8DkJKzGfrLCz2
6 月 29 日數理科學組新科院士演講(臺灣大學天文數學館一樓國際會議廳)
報名網址: http://events.asiaa.sinica.edu.tw/conference/20180629/
6 月 29 日生命科學組新科院士演講
報名網址: https://goo.gl/cZDWnE
7 月 6 日數理科學組新科院士演講(物理所一樓演講廳)
報名網址: http://www.phys.sinica.edu.tw/~nea/
洽詢專線:(02) 2789-9614,本院院本部學術及儀器事務處嚴愛鑫博士
時間:107年9月3日(星期一)至4日(星期二)
地點:本院人文社會科學館3樓國際會議廳
主辦單位:本院統計科學研究所
活動網頁:http://www3.stat.sinica.edu.tw/camp2018/index.html
報名網址: http://www3.stat.sinica.edu.tw/camp2018/register.asp
報名日期:即日起至2018年7月20日
參加資格:對統計科學有興趣之國內外各學系學生
聯絡人:賴姿秀小姐,(02)2783-5611#128,camp@stat.sinica.edu.tw