QIAGEN IPA 2021夏季更新(下)

cirlsl資料庫

本期推廣誌延續上期，介紹IPA本年度夏季更新內容：

B. Comparison Analysis from Activity Plot results

您現在可以直接從任何活動圖去建立比較分析，如圖 7 所示。

圖 7：直接從ActivitiyPlot活動圖中的選定資料並創建比較分析。 在這個例子中，選用上游調控因子NFE2L2之活動圖（左），並用搜索匹配所產生的 OmicSoft Lands 數據集。進一步篩選“比較類別(comparisoncategory)”中僅處理過的樣本中。 在活動圖中選擇前五個結果並點選“查看比較(View Comparison)”後，可以使用生物路徑分析及階層式分層來分析（右）。

C. Newly revised Land Explorer links in Gene Views improve navigation

IPA Gene Views 中的 Land Explorer 資料庫連結，現在提供其他 Lands 和視覺化的直接連結，並且將數據來源的標記更加清楚。今年度的更新，已新增可以鏈接到存活率圖(survival plots)和ICGC（國際癌症基因組聯盟）等來源（圖 8）。

圖 8：基因視圖中優化的 Land Explorer 超連結部分。 各連結依照來源、類型、聯盟等分類。
圖 9：Kaplan-Meier 存活率曲線現在可直接連結至IPA中的基因視圖。 該存活率曲線是透過從 FOXM1 Gene View中，依圖 8 所示的 Oncology Consortia - Survival by Expression - TARGET 生成的。該視圖顯示了隨時間的存活率，並根據該表現進行分類基因。

D. Improve publications by customizing font size in networks and pathways

為了傳達各網路或生物路徑中某些節點或標籤的重要性，可以選擇性地修改字體大小。通過選擇單一、多個節點或標籤，並使用新的字體大小按鈕，即可輕鬆進行修改，如下圖 9 所示。

圖 10：現在您可以使用新的字體大小按鈕修改節點或標籤上的字體。這些節點或標籤的重要性可以通過字體大小來強調，並提供與您的路徑圖像在比較上有更好的變化。

E. Content updates 2020 Q3 最新更新Pathway及資料庫數據如下

新增生物路徑:

  • CSDE1 Signaling Pathway

更新生物路徑:

  • Base Excision Repair Pathway
  • Epithelial Adherens Junction Signaling Pathway
  • Gustation Pathway
  • Phagosome Formation Pathway

並新增OmicSoft資料庫內容如下:
>6000更新資料(總共 > 96,000)，並可運用於Analysis Match, Activity Plot and Pattern Search

表一、 OmicSoft資料庫更新統計(Analysis Match & Activity Plot)。 超過6,000全新分析數據、1條生物路徑、300,000新增文獻資料。

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文章提供：創源生技
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