蛋白質序列分析

cirlsl生物資訊

ChatRoom_20150608

case1

範例：進行C. eleganSUMO-conjugating enzyme UBC9 yeast two-hybrid實驗後，發現有一個蛋白質會與UBC9有交互作用，長度有702胺基酸，進行蛋白質序列分析。

1. 可將你的蛋白質序列送到一些常見的工具進行搜尋，例如NCBI的 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）中的blastp程式進行比對（網址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）

 

blastp-1

搜尋結果顯示此一蛋白質是C. eleganBRCA1-associated RING domain protein 1 (brd-1)，同時也知道此一蛋白質包含Zinc-Ring finger 和Ankyrin repeats的序列特性。

 

序列的motifs 或domains 也可從NCBI 的 CD-Search (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi) 搜尋得知。CD-search 是一個用來搜尋CDD的介面，CDD包含Pfam, SMART, COGs 和 MMDB 輸入的具有保留的蛋白質patterns或motifs。 利用事先計算的位置相關的計分矩陣與搜尋的序列進行比對，搜尋的結果顯示為一對一的排比和可連結的以不同顏色表示的domain區塊。 展開”+”即可顯示序列相似的程度。

 

CD-search

 

2. 將你的蛋白質序列送到UniProt 進行BLAST搜尋 (http://www.uniprot.org/blast/)

找到完成相同的C. eleganBRCA1-associated RING domain protein 1 (Q21209)後，會得到更多與brd-1相關的訊息。

 

Q21209-1

 

以上內容感謝生醫所孫慶姝小姐提供，希望對您們有幫助。