介紹一個實用的畫Heatmap軟體,其優點有:
-
免費下載使用。
-
免安裝,下載完成解壓縮後,即可直接執行。
-
操作介面簡單。
-
提供基本的統計檢定(Statistical test)及集群分析(Cluster Analysis)。
TM4首頁網址:http://www.tm4.org/mev.html
點選網頁右邊Download MeV v4.9並解壓縮,提醒您,在執行此軟體之前,記得要先安裝Java,並更新至最新版本。
分析步驟如下:
1. 解壓縮完後的資料夾,點擊「MeV」,執行程式。
2. File " Load Data
3. 輸入資料。
4. Clustering " Hierarchical Clustering,此為最常使用的Heatmap分析方法。
5. 分析參數設定。
6. 分析完成後,在視窗左邊,會多出HCL(1)的subtree,點選HCL Tree,就可以看到分群後的Heatmap了。
7. 在Display裡面有Heatmap的格式調整,可設定字型、顏色、顏色尺度、格子大小…等,讓圖形呈現得更漂亮。
這樣最基本的Heatmap即完成了,若對其他分析方法或Cluster的參數設定有疑問,請咨詢生物資訊或統計的專業人員。
以上內容感謝分生所徐唯哲研究助技師提供,希望對您們有幫助。