BioCyc 的工具:Omic Data Analysis

ChatRoom20200413

 

文/徐唯哲博士

今天為大家介紹BioCyc的一個工具: Omic Data Analysis。如果有一個NGS或microarray的實驗結果,想要看看不同樣本或不同時間點下,基因表現值的變化是否參與了那些功能,Omic Data Analysis可以幫助你找到有差異表現的代謝途徑喔!

首先連結到Biocyc首頁,在網頁的右上角確定好要分析的物種後,從工具列點選Metabolism -> Cellular Overview,或直接點選https://biocyc.org/overviewsWeb/celOv.shtml

在右方”OPERATIONS”點選”Upload Data File”後,依照圖片指示將檔案上傳,檔案為tab分隔的純文字檔,第一個欄位(欄位0)必須是基因名稱或ID,之後才是樣本的欄位。

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Biocyc有提供範例可以下載,以這個範例為例,共有六個樣本。輸入後等待一下,會出現兩個新頁面:

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這個結果告訴你那些代謝途徑在不同的樣本有很大的基因表現差異,Differential Pathway Perturbation Score (DPPS)值越高表示樣本間差異越大。也可以從Pathway Perturbation Score (PPS)看出該代謝途徑在樣本間的表現差異。

另外也可以在”Cellular Overview”這個頁面中看到heatmap結果,點選特定的代謝途徑;還可以產生統計直方圖來比較樣本之間的表現量,還有詳細說明,是個十分好用的工具。

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