QIAGEN IPA 2022秋冬更新(上)

cirlsl資料庫

文章提供：創源生技

本次IPA功能更新內容豐富，將分為上、下二集介紹。

1. Canonical Pathway 新增泡泡圖功能

泡泡圖可以幫助 Canonical Pathway 有更好的視覺化呈現。泡泡圖能將多種參數同時顯示，並透過泡泡的大小、顏色以及重疊程度提供不同的訊息以解釋您的實驗資料。

圖1顯示的泡泡圖繪製了 Nrf2 激活化合物對小鼠腎臟中Canonical Pathway活化的預測影響。這些路徑按顯著性 (-log(p-value)) 排序並根據活化或抑制的預測 (z-score) 進行著色。氣泡的大小隨著與每個路徑重疊的基因數量的增加而增加。

最顯著的路徑位於 x 軸的左側，並且在該路徑大部分被活化，並且與數據集重疊的基因數量最多（如氣泡大小所示）。

圖1、利用路徑名稱與顯著性繪製的Nrf2 活化子 Canonical Pathway 。顏色表示 z-score（參見右上角的圖例），氣泡的大小隨著重疊基因的數量而增加。因此，圖表左側的大橙色氣泡表示具有統計顯著性、預測會被活化並且與數據集有許多重疊基因的路徑。

還有其他方法可以繪製泡泡圖，例如，您可以繪製一個強調路徑分類的泡泡圖（參見圖2）。

圖2、利用路徑名稱與路徑類別繪製單細胞數據的Canonical Pathway。此泡泡圖可幫助您了解路徑及其分數如何歸類到不同類別中。分析的數據來自發育中的人類肝臟的自然殺手 (NK) 細胞群。如圖例（右上角）中所列，氣泡根據 z-score 著色，氣泡大小根據 -log(p-value)，其中最大的氣泡具有最顯著的分數。例如，左下角的自然殺傷細胞信號傳遞路徑和 T 細胞受體信號傳遞路徑預測會在這些 NK 細胞中被活化。這些路徑被歸類在細胞免疫反應類別（如 y 軸所示）。

2. 改善了Comparison Analysis heatmaps中分析名稱的顯示

您現在可以切換熱圖中標題的高度以顯示完整的分析名稱，如圖3所示。較高的標題也出現在匯出的圖片中。

圖3、展開熱圖中的標題以查看完整的分析名稱。此功能適用於Comparison Analysis heatmaps 和 Analysis Match heatmaps。

若有需要進一步的資訊，或在使用軟體上遇到問題，歡迎聯繫以下窗口：
徐竹君 業務專員 LenaHsu@GGA.ASIA   02-2795 1777 #3013
黃柔諭 產品專員 ZoeHuang@GGA.ASIA  02-2795 1777 #3024