Ingenuity Pathway Analysis 2024 冬季更新

在火山圖中可以直接標示基因
在火山圖中,您可以直接標示基因。只需點擊火山圖中的任何一點(代表基因或
蛋白質),即可用其名稱標記它 。例如,在圖 1 中,按一下了多個點則可以顯示
這些點所代表的基因與蛋白質 。這些標籤會一直存在,直到您離開該頁面,並隨
火山圖圖像一起匯出。將滑鼠停在點上將顯示帶有測量值的標註 。
(例如,圖1 中的 ITGAE 基因)。

圖1 火山圖中的標記基因。單擊一個點可以打開或關閉其標籤。您可以使用清除標籤按鈕一次清除所有標籤。

IPA強化路徑與網 路 分析功能,聚焦關鍵基因與蛋白
在複雜的生物資訊學研究中,識別和解析關鍵基因與蛋白質的角色至關重要。QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 提供了強大的可視化工具,使研究人員能夠直觀地突出顯示典型路徑或網路中的關鍵節點,從而提升數據解析的深度與精確度。
當研究人員從IPA主頁探索特定通路與網絡時,系統能夠自動對應資料集中的基因,將其精準映射至圖表中的相應節點。這一功能在群體(group)與蛋白質複合體(protein complex)分析中特別重要,因為這些節點的名稱往往不直接顯示對應的基因標識符,而 IPA 則能幫助研究人員迅速定位並解析這些關鍵資訊。
此外,使用者可直接點擊對應分析表格中的感興趣基因或蛋白質,系統將即時於其上方的網路或路徑圖中高亮對應的節點,進一步提升數據關聯性的可視化效果,幫助研究人員更直觀地理解基因與通路之間的相互作用。如圖2所示。

圖2透過點擊典型路徑下資料集表中感興趣的基因來突出顯示節點。該節點以虛線輪廓突出顯示,並且字體變得更粗。

IPA Interpret中的其他軟體改進

  1. 減少節點之間的堆疊,改善圖形摘要。
  2. 路徑或是網路圖形產生的對應表格設計為最長寬度,以便顯示更多資訊
  3. 路徑或是網路所對應表格中呈現基因的所有資訊,包括基因標識符號。
  4. 所有表格都新增了灰色醒目提示效果,以淺灰色顯示您所選擇的分子。
  5. 資料集中上調和下調的基因現在以紅色或藍色顯示以匹配火山圖。
  6. 所有網路中節點的邊界顏色較深、使圖形更清晰。
  7. 改善網路和路徑圖例的外觀,增加可視化。

點擊電子郵件中 IPA i nterpret 連結 ,立即獲得 IPA interpret
如果您選擇在 IPA 中完成分析時接收提醒您的電子郵件,您可以直接點選連結,直接得到IPA interpret 的結果。

內容更新
六條新的 Ingenuity 訊號通路

  • 骨礦化訊號通路 Bone Mineralization Signaling Pathway) • 腦畸形訊號通路 Cerebral Malformation Signaling Pathway
  • ID3 訊號通路 (ID3 Signaling Pathway
  • 子癇前症訊號通路 (Preeclampsia Signaling Pathway
  • 結核病活性訊號通路 Tuberculosis Active Signaling Pathway
  • 結核病潛伏訊號通路 Tuberculosis Latent Signaling Pathway

新增( (>240,000 個新發現):

  • >36,000 則專家發現(來自文獻整理)
  • 來自 Clin Var 的 30,000 多種癌症突變發現
  • 來自 NHGRI EBI 人類全基因組關聯研究目錄的 2,300 多項 GWAS
    結果
  • 來自 BioGrid 的 10,500 多種蛋白質 蛋白質相互作用結果
  • 來自 IntAct 的超過 11,200 個蛋白質 蛋白質相互作用結果
  • 來自 ClinicalTrials.gov 的 1,100 多項藥物 疾病研究結果
  • 來自 ClinicalTrials.gov 的 1,200 多項 標靶 疾病的研究結果
  • 來自線上人類遺傳 (OMIM) 的 3,400 多項基因與疾病研究結果
  • >500 基因本體論 gene ontology) 發現
  • >230 項來自臨床基因組資源 (ClinGen) 的發現
  • 來自人類蛋白質圖譜 (THPA) 的超過 163,000 個基因與細胞類型的發
    現,使得細胞和組織覆蓋層中呈現出兩種新的細胞類型:胸腺間皮細胞、
    卵巢基質細胞
  • > 30 種新可映射的化學物質

OmicSoft 資料集

OmicSoft 的 231,775 個資料集將於 2025 年 1 月下旬投入使用,其中新增 15,814 個資料集,如圖三所示

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