NetMedEx 是一套以 Docker 為基礎的工具，透過 PubTator3 從超過 3000 萬篇 PubMed 文獻中擷取資訊，建立可互動的生物概念網絡，以整合散落於文獻中的基因、化合物與疾病等生物資訊。

其核心創新為結合 Hybrid RAG 的互動式 Chat Panel，同時整合語意檢索（文獻摘要向量搜尋）與圖論拓撲分析（如最短路徑與社群偵測），讓研究者能以對話方式動態探索生物概念間的關聯，並獲得結合文獻證據與網絡結構的分析結果。

在骨質疏鬆案例研究中，NetMedEx 成功辨識中草藥透過 miRNA 調控影響骨生成途徑的潛在機制，揭示化合物、miRNA 與骨生成路徑之間的交互作用，展現其於文獻探索與假說生成上的應用價值。

相關程式網址與說明文件，請參閱GitHub: https://github.com/lsbnb/NetMedEx  。

重要提醒：

請事先查看NetMedEx的網站，最好能自行申請到本次上課會使用的API Key（Open AI 為佳），這樣屆時才能充分發揮這一個平台的力量。請參考連結：https://github.com/cylin2022/NetMedEx#setup-ai-engine

I: Basic introduction and data processing workflow

II: Advanced analysis, metabolite database, and application cases

洪兆祥博士為《AI 研究寫作全攻略：NotebookLM × Gemini × ChatGPT × Perplexity》作者之一。

本課程旨在引領學員掌握生成式 AI 在學術領域的應用，實現寫作效能的質性躍進。課程核心將聚焦於如何在恪守學術倫理的標準下，有效整合 Gemini 與 NotebookLM 等工具，協助研究者快速進行文獻分析、構建文獻回顧並優化資料解釋。透過思維與工具的雙重升級，學員將能理解 AI 的應用邊界，並將其轉化為學術產出的強大助力。

課程重點：

• 寫作升級： 掌握 AI 的核心功能、發展機會與應用界限。

• 實務工具： 深入學習 Gemini 與 NotebookLM 的協同作業技巧。

• 倫理規範： 探討學術投稿中的 AI 使用規範與倫理維護。

溫馨提醒：請自備筆記型電腦，進行現場實作。

「本課程將介紹如何利用 Taiwan Biobank 資料進行代謝體學分析。上半堂課會先簡單介紹代謝體學的背景、相關應用與 Taiwan Biobank 的相關資源；下半堂會以 R 語言搭配 MetaboAnalystR 套件進行分析實作。課程大綱如下：

• 代謝體學是什麼？
• 代謝體學的相關應用有哪些？
• Taiwan Biobank 的代謝體學資源是如何建立的？有哪些資源可以用？
• （實作）資料前處理：資料清理、缺失值填補及正規化。
• （實作）統計分析：利用單變數與多變數分析等方式，探索資料中的潛在結構與樣本間的關聯性。」

文獻整理小幫手，探索 EndNote 2025 AI 管理文獻列出重點總結更便利。

說明 EndNote 核心，運用 CWYW 寫作時引文、參考文獻、格式要求一把抓。

EndNote是目前全球最受歡迎的書目管理軟體，可輕鬆匯入或建立參考書目，協助研究者有效管理搜集到的參考文獻。在寫作的同時，您可搭配Cite While You Write功能，輕鬆引用書目與產生參考書目格式，免於格式編修的困擾，加速發表流程。本課程將助您掌握最新版的核心功能！

大綱

•安裝創建新檔

•收集書目文獻

•群組分類管理

•寫作功能搭配

•資料備份分享

Common annotation tools and their statistical idea

I: Basic introduction and data processing workflow

II: Advanced analysis, metabolite database, and application cases

Using online Pathway Databases: STRING

本課程介紹Spatial RNA-seq分析流程，涵蓋資料前處理、品質控管、空間分群與差異分析，並結合pathway analysis解析組織微環境與功能變化，協助從空間基因表現中建立生物機制洞察。

1. Spatial Transcriptomics 基礎與實驗流程

2. 資料前處理與品質控管（QC）

3. Normalization 與空間資料探索

4. Spatial Differential Expression 與 Cell Type Annotation

5. Pathway Analysis 與空間生物學解讀

1. Databases (UniProt, Ensembl Metazoa, KEGG)

2. Sequence homology (BLAST, Diamond)

3. Blast2GO, OrthoFinder, and other tools