教育訓練課程
- 主題 1 ： 生物資訊系列課程
- 主題 2 ：電子資源、資料庫、工具及書目管理軟體之使用教學
- -- 實體課程； -- 視訊課程
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【生物資訊系列】Gene annotation and orthology assignment for newly-sequenced organisms(In Chinese)(實體+線上課程)
2025-09-02（二）14:00~16:00
呂在明博士(研究助技師,細生所)
環境變遷大樓 6005 教室
1. Databases (UniProt, Ensembl Metazoa, KEGG)
2. Sequence homology (BLAST, Diamond)
3. Blast2GO, OrthoFinder, and other tools
【生圖資源篇】Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 前沿應用工作坊：多組學腫瘤案例（FAP）＋實際藥物毒性機轉（APAP）整合分析(In English)(實體+線上課程)
2025-09-12（五）09:30~12:00
熊嘉妮小姐(專案副理,訊聯基因數位股份有限公司)
國家生技園區Ｄ棟二樓電腦教室
本課程系統性介紹 IPA 在多組學分析、路徑機轉建構與毒性預測中的應用。多體學以 FAP（癌症案例） 示範轉錄體／蛋白體／磷酸化蛋白體／代謝體的整合，建立 Canonical Pathways、Upstream Regulators 與 Causal Network 的機制圖譜；毒性預測以臨床常用藥物 APAP（乙醯胺酚） 為案例，完整操作 IPA-Tox（Toxicity Functions）、Comparison Analysis（時間／物種）、上游調控與因果網路，並討論跨物種外推、PBPK 概念與實驗設計要點。課程亦示範以代謝體延伸臨床生物標誌物，將 IPA 的毒性機制與實際決策串連，完成從資料到假說與報告的全流程。
課程大綱｜Course Outline
1. IPA 功能概覽與資料庫更新
2. IPA Interpret 模組介紹
3. 多組學資料在 IPA 中的應用
o 3.1 多體學在癌症案例（FAP）：
o 3.2 跨物種毒性分析案例（APAP）：
4. 機器學習／模式比對輔助與 IPA 進階功能
5. 上游調控因子分析與毒性預測工具應用
6. 結果詮釋與視覺化報告生成
【生圖資源篇】活用 TAIR 於植物研究：阿拉伯芥與作物的實用工具(In Chinese)(實體+線上課程)
2025-09-25（四）10:00~12:00
陳荷明博士(副研究員,農生中心)
農科大樓 A133 會議室
阿拉伯芥 (Arabidopsis thaliana) 是研究最深入的模式植物，其龐大且高品質的資料與註解，不僅對阿拉伯芥研究者重要，對於其他植物，特別是作物研究同樣非常有價值。
本工作坊將介紹 The Arabidopsis Information Resource (TAIR) 這個線上平台，內容包含基因註解、序列資料、功能資訊以及多種實用研究工具。我們將著重於如何將 TAIR 的功能應用到非阿拉伯芥植物研究，例如作物基因的同源基因鑑定、功能預測與基因組特徵探索。
透過實際操作與示範，參加者將學習：
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瀏覽 TAIR 網站與基因資訊頁面。
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尋找同源基因及使用BLAST
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利用基因組瀏覽器查看基因模型與多種高速定序資料。
完成本工作坊後，你將能更有信心地運用 TAIR 來支援自己的比較基因組學研究、功能預測以及實驗假說的建立。
【生物資訊系列】Alternative-splicing detection by NGS
(In English)(實體+線上課程)
2025-09-30（二）14:00~16:00
林文鐽博士(研究副技師,植微所)
環境變遷大樓 6005 教室
1. definitions of detecting alternative splicing (AS),
2. theories of isoform-based algorithms,
3. theories of count-based algorithms,
4. quick walk-throughs of AS computation programs,
5. short discussions.