I: Basic introduction and data processing workflow

II: Advanced analysis, metabolite database, and application cases

洪兆祥博士為《AI 研究寫作全攻略：NotebookLM × Gemini × ChatGPT × Perplexity》作者之一。

本課程旨在引領學員掌握生成式 AI 在學術領域的應用，實現寫作效能的質性躍進。課程核心將聚焦於如何在恪守學術倫理的標準下，有效整合 Gemini 與 NotebookLM 等工具，協助研究者快速進行文獻分析、構建文獻回顧並優化資料解釋。透過思維與工具的雙重升級，學員將能理解 AI 的應用邊界，並將其轉化為學術產出的強大助力。

課程重點：

• 寫作升級： 掌握 AI 的核心功能、發展機會與應用界限。

• 實務工具： 深入學習 Gemini 與 NotebookLM 的協同作業技巧。

• 倫理規範： 探討學術投稿中的 AI 使用規範與倫理維護。

溫馨提醒：請自備筆記型電腦，進行現場實作。

「本課程將介紹如何利用 Taiwan Biobank 資料進行代謝體學分析。上半堂課會先簡單介紹代謝體學的背景、相關應用與 Taiwan Biobank 的相關資源；下半堂會以 R 語言搭配 MetaboAnalystR 套件進行分析實作。課程大綱如下：

• 代謝體學是什麼？
• 代謝體學的相關應用有哪些？
• Taiwan Biobank 的代謝體學資源是如何建立的？有哪些資源可以用？
• （實作）資料前處理：資料清理、缺失值填補及正規化。
• （實作）統計分析：利用單變數與多變數分析等方式，探索資料中的潛在結構與樣本間的關聯性。」

文獻整理小幫手，探索 EndNote 2025 AI 管理文獻列出重點總結更便利。

說明 EndNote 核心，運用 CWYW 寫作時引文、參考文獻、格式要求一把抓。

EndNote是目前全球最受歡迎的書目管理軟體，可輕鬆匯入或建立參考書目，協助研究者有效管理搜集到的參考文獻。在寫作的同時，您可搭配Cite While You Write功能，輕鬆引用書目與產生參考書目格式，免於格式編修的困擾，加速發表流程。本課程將助您掌握最新版的核心功能！

大綱

•安裝創建新檔

•收集書目文獻

•群組分類管理

•寫作功能搭配

•資料備份分享

Common annotation tools and their statistical idea

I: Basic introduction and data processing workflow

II: Advanced analysis, metabolite database, and application cases

Using online Pathway Databases: STRING

本課程介紹Spatial RNA-seq分析流程，涵蓋資料前處理、品質控管、空間分群與差異分析，並結合pathway analysis解析組織微環境與功能變化，協助從空間基因表現中建立生物機制洞察。

1. Spatial Transcriptomics 基礎與實驗流程

2. 資料前處理與品質控管（QC）

3. Normalization 與空間資料探索

4. Spatial Differential Expression 與 Cell Type Annotation

5. Pathway Analysis 與空間生物學解讀

1. Databases (UniProt, Ensembl Metazoa, KEGG)

2. Sequence homology (BLAST, Diamond)

3. Blast2GO, OrthoFinder, and other tools

朱廣邦教授為《科學家．作家魂 - 從數據整理、撰寫技巧到投稿策略，寫出讓期刊難以拒絕的研究論文》作者。

第1部：下筆前的準備

1.1. 科學研究方法及論文撰寫應用

1.2. 研究論文及小說撰寫：殊途同歸

1.3. 何時及何處開始

1.4. 圖和表的構築 

第2部：撰寫及修訂論文稿

2.1. 撰寫及修訂初稿: 撰寫守則

2.2. 以科學且專業英文撰寫 

2.3. 研究論文的結構

第3部：投稿過程

3.1. 撰寫論文說明信函

3.2. 回應審查意見

第4部：分享AI輔助撰寫經驗 

Biomedical Data Analysis with ML and DL: Classification, Prediction, and Ethical Insights

1. definitions of detecting alternative splicing (AS),

2. theories of isoform-based algorithms,

3. theories of count-based algorithms,

4. quick walk-throughs of AS computation programs,

5. short discussions.

【課程要求】尚未有帳號者，請先申請帳號。

Turnitin的原創性報告透過先進的比對技術和豐富的多元資料來源，標示出文章與各參考資料的相似比例，幫助研究者提升寫作原創性，並確保文獻引用的正確性及適用性，提升研究的可信度與品質。

Turnitin可有效地避免學生作業或論文不當的引用，或是潛藏的剽竊行為。教師們也可以透過Turnitin鼓勵並指導學生原創寫作，培養學生的學術倫理涵養，同時保護師生和學校的聲譽。根據世界各國老師們的使用經驗，Turnitin有效節省教師審查學生作業的時間，並深入瞭解學生的課堂學習狀況。

課程大綱

• 帳號申請和啟用
• 重設密碼
• 教師管理使用方式
• 新增學生帳號
• 上傳文稿
• 原創性報告檢視
• 列印下載報告
• 資源分享與常見問題

Introduction to 10x single cell RNA-seq Analysis, including data Quality control, Normalization, Integration, Visualization, Clustering, and Marker identification

【課程要求】尚未有帳號者，請先申請帳號。

Turnitin的原創性報告透過先進的比對技術和豐富的多元資料來源，標示出文章與各參考資料的相似比例，幫助研究者提升寫作原創性，並確保文獻引用的正確性及適用性，提升研究的可信度與品質。 

Turnitin可有效地避免學生作業或論文不當的引用，或是潛藏的剽竊行為。教師們也可以透過Turnitin鼓勵並指導學生原創寫作，培養學生的學術倫理涵養，同時保護師生和學校的聲譽。根據世界各國老師們的使用經驗，Turnitin有效節省教師審查學生作業的時間，並深入瞭解學生的課堂學習狀況。 

課程大綱

l   什麼是Turnitin?

l   Turnitin操作方式

l   帳號啟用

l   上傳文章

l   瀏覽原創性報告

l   下載原創性報告

l   資源分享與常見問題

Introduction to 10x single cell RNA-seq Analysis, including data Quality control, Normalization, Integration, Visualization, Clustering, and Marker identification