質譜儀是分析蛋白體(Proteome)表現很重要的方法之一，了解分析樣品中含有那些蛋白質通常是分析的第一步。目前有許多蛋白質搜尋引擎可以幫我們來了解LC-MS/MS資料，作蛋白質定性分析(Protein Identification)，然而不同的搜尋引擎有著不同的計算方法，定性的結果可能不盡相同。比利時Lennart Martens教授的研究團隊開發了SearchGUI軟體，整合了8套蛋白質搜尋引擎，透過PeptideShaker來呈現整合後的搜尋結果，並支援跨平台，操作介面直覺，相當方便。
首先到下列網址下載SearchGUI和PeptideShaker。
https://compomics.com/bioinformatics-for-proteomics/
https://compomics.github.io/projects/peptide-shaker.html
安裝後，開啟SearchGUI可以看到操作介面如下圖。
Input & Output中選擇質譜資料的檔案、編輯搜尋設定和指定輸出結果存放的位置。
在搜尋設定編輯的頁面，可以選擇FASTA檔、定義Modification的種類、編輯搜尋參數等等。
設定完成後，選擇要執行的搜尋引擎，記得也選取PeptideShaker，這樣SearchGUI執行完畢後會直接將結果呈現在PeptideShaker。選好後，按下「Search the Search!」，開始執行。
跑完後，PeptideShaker在Overview的分頁呈現Identified Proteins、選擇的Identified Protein是經由那些Peptides組成、Peptide的PSMs(Peptide Spectrum Matchs)是那些與其對應的圖譜。
除了Overview，PeptideShaker還提供很多好用的分析功能，包括Spectrum IDs、Fractions、Modifications、3D Structures、Annotation、GO Analysis、Validation和QC Plots。PeptideShaker的使用說明很豐富，使用者可以至官方網站查詢詳細的功能。
https://compomics.com/bioinformatics-for-proteomics/
