BioCyc Database介紹

BioCyc 資料庫是生圖自2018年起引進的資料庫！由SRI International所開發。該機構位於美國加州，其負責人Peter Karp一直是代謝途徑生物資訊的先驅。他的研究團隊最早開發了 EcoCyc 代謝路徑資料庫，該資料庫描繪了大腸桿菌細胞內的完整生化工廠；之後還開發了用於代謝網視覺化的算法、用於預測代謝網中的抗菌藥物靶標、以及用於預測基因組生物體的代謝路徑。後者算法已應用於數千種生物體，變成 BioCyc 資料庫。

BioCyc 集合了超過14000個以上不同物種的代謝路徑與基因組資料庫，如微生物、人類、酵素、蒼蠅及小鼠等及其他真核生物(如真菌、植物)。BioCyc 不僅建立個別物種的代謝路徑與基因組，也提供了豐富的電子參考資源，對微生物的功能基因體學分析有很大幫助。

BioCyc 涵蓋多個資料庫，EcoCyc 用於大腸桿菌，MetaCyc 用於所有生物的代謝路徑；BioCyc 也提供許多好用的比較分析工具，如Genome informatics tools、Pathway informatics tools、Omics data analysis等。資料庫Pathway/Genome Databases (PGDBs) 提供了關於不同生物的路徑和基因組的電子參考資料，詳細介紹了基因表現和代謝組學數據的選項，但許多涉及在路徑或代謝圖譜上繪製數據的選項也可用於蛋白質組學。

欲知 BioCyc 更詳細的使用方法，請參考如下內容：

20190813課程－BioCyc Database Introduction

Guide to the BioCyc Database Collection

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