圖文/ 創源生物科技股份有限公司分子視算中心
QIAGEN IPA 路徑分析軟體在本季度釋出重大更新，提供全新使用介面以及更多新增功能，詳細更新內容請參閱下方資訊：
（若尚未有IPA軟體使用帳號，請向生圖提出申請）
QIAGEN IPA 推出全新介面！（QIAGEN IPA has an all new look）
IPA此次更新除了提供新版介面外，登入畫面也設置新的Quick Start，整理了IPA關鍵的功能、常見問題及短片來協助大家快速瀏覽並上手IPA。
圖一、 IPA全新介面。大部分的功能及位置與前幾版相同，但更新了現代化的外觀。需要注意Mac系統使用者，開啟按鈕的圖示更換為⌘-A，因此建議所有用戶去原廠官網下載最新版本的IPA，並更新至Java8以上，以獲取正常及最佳的使用者體驗。
Client下載連結: LINK
圖形分析摘要（Graphical Summary）
IPA此次新增一種核心分析結果(Core Analysis)的新方法，稱為“圖形總結”。其目的為提供IPA核心分析中主要生物學主題(biological themes)的快速概述，以及說明這些概念如何相互聯繫。此功能選擇並連接分析中預測的最重要的分子，從而創建了連貫且可理解的分析。圖形分析摘要包括了生物路徑(canonical pathways)、上游調控因子( upstream regulators)及生物疾病功能( diseases and biological functions)。此演算法使用機器學習技術來確認優先順序，並連接某些情況下尚未與QIAGEN知識庫建立關聯性的分子或路徑關係。
圖形分析摘要功能顯示在Core Analysis中“Summary”選項右側的新選項中，如下圖所示。以下範例呈現了一個Graphical Summary結果，該結果來自探討對侵襲性緊密連接蛋白低表達型( claudin-low)乳腺癌細胞與侵襲性較低的管腔A型(luminal A)乳腺癌細胞進行對比（ratio）後的表現分析。這些claudin-low細胞中可通過活化如ZEB1，SNAI1和SNAI2之類的特定轉錄因子而激活了上皮-間質轉化（EMT），並使其具有組織侵襲性現象。IPA則將當中關聯性整合如下圖：
圖二、新的“圖形分析摘要”是一個小型網路圖，用於彙整“核心分析”的主要結果。此功能演算法使用多種方法（包括機器學習）來選擇和連接排名前面的預測實體。首次分析時，將花費較多的時間在數據及圖形的呈現，因為IPA需要將數據集生成及保存新的圖形摘要。
*更多有關此功能的詳細資訊，也可透過下方連結至原廠Help進行研讀。
https://qiagen.secure.force.com/KnowledgeBase/articles/Basic_Technical_Q_A/Graphical-Summary
新增個人化註解在我的路經中（Now add “sticky” notes directly on a My Pathway）
此版本使您可以在Pathway或Network添加任意數量的標籤，以幫助您保留感興趣的想法或細節。可以將這些註釋添加到Pathway或Network中，然後另存為“My Pathway”。該工具有助於與他人共享自定義途徑的組成部分。
圖三、通過將自己的註釋添加到路徑和網絡來更有效地進行交流。為自己做筆記或與他人分享。您可以將註釋附加到分子、關係，或提供有關路徑的訊息。
Other improvements to IPA
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分子活性預測(Molecule Activity Predictor (MAP))現在在任何一次的分析(活化/抑制)過後，都可以保存在My Pathway中，過往只能保存實驗分析、資料集或是Data Overlay在My Pathway中，此次的修正將能節省大家的時間及精力。
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通過剪貼網路或網路片段來簡化自定義路徑的創建，而不會遺失其相對分子(Node)的位置。
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“Chem Search”上的CAS連結現在已可以使用且呈現活動狀態，並可以訪問NIH提供的ChemIDplus網站（https://chem.nlm.nih.gov/）。
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全新短片更新於核心分析及我的路徑（New short videos in Core Analysis tabs and My Pathways）
在Core analysis當中可以找到新的短片。可以視窗右側視頻播放按鈕圖標。
Content updates 2020 Q3 最新更新Pathway及資料庫數據如下：
並新增OmicSoft資料庫內容如下：
表一、 OmicSoft資料庫更新統計(Analysis Match & Activity Plot)。超過7,700全新分析數據、4條生物路徑、425,000新增文獻資料。