本文經訊聯基因數位股份有限公司(原名:創源生技)同意轉載，原文出處：https://www.gga.asia/tc/Product_Information/BioInformatic/about_news_detail/4141
透過這些強大的工具，您也可以成為一個路徑分析專家
我們都有過這種經驗：坐在電腦前，篩選研究數據，並對一款軟體工具的龐大功能感到稍微不知所措。你可能會問自己：「我真的充分利用了這個工具嗎？」
作為研究人員，我們通常只會使用軟體的基本功能，對於更進階的功能往往不得其門而入。所以這篇文章將帶領我們深入探討 QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 的五個常被忽視但強大的秘技。
1. 使用機器學習疾病途徑探索影響單一疾病的關鍵分子
疾病網路對於理解疾病驅動因子和發現潛在新的分子參與者非常有用。QIAGEN 使用機器學習（ML）來挖掘本身的知識庫 (QIAGEN Knowledge Base, QKB)，創建了大約 1500 個疾病、表型和功能途徑，全部都在 Ingenuity Pathway Analysis（IPA）軟體中。
使用 ML 疾病途徑工具，我們不僅止是在查看數據，而是從精密演算法中獲得的見微知著的能力。這些途徑提供了以「全局視野」觀察那些影響特定疾病的關鍵分子。除了已知的分子參與者，還有平常不易發現的影響者等待我們去發現。透過探索這些利用大數據所得到的機器學習途徑 (ML pathways)，讓我們可產生突破性的發現，也可能顛覆對疾病理解和治療的革新。深入探索我們的機器學習疾病路徑工具。
2. 透過 IPA 的活動圖 (Activity Plot)，更仔細地觀察數據中的生物分析單元
如果今天我們不是要看單一種疾病的所有可能目標，而是想看輸入的分子影響哪些疾病呢？
透過 QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 的活動圖 (Activity Plot) 功能，可以在超過 100,000 個 OmicSoft Land 分析中的活動中，可以視覺化並探索單一筆 IPA 輸入分析結果。（例如：上游調控分子、因果網路、典型路徑、疾病或功能）。
透過活動圖 (Activity Plot)，我們可以探索 IPA 分析匹配資料庫中代表疾病狀況、治療狀況、基因剔除等數千個數據集的預測生物活性，對潛在目標獲得更深入的理解。了解更多關於活動圖 (Activity Plot) 的資訊。
3. 使用 IsoProfiler 分析的剪接變體和異構體
我們知道轉錄本 (transcripts) 可能難以捉摸。在 RNA-seq 數據集中，有許多異構體，要找出重要的異構體就像在大海撈針。那麼就來使用 IsoProfiler 吧。
IsoProfiler 不僅幫助我們識別這些關鍵的轉錄本 (transcripts)，還提供來自 GTEx 聯盟的完全整合的正常人體組織表現量的資料。無論是異構體切換模式，已知疾病，甚至是組織特異性表達，該功能都提供了全面的視角。就像有一個精通生物學精明的專家就在我們身旁，引導我們探索各種可能性。讓 QIAGEN IPA 的 IsoProfiler 功能幫助我們識別並優先考慮與我們研究相關的具有有趣生物性質的異構體。
4. 建立因果假設，用調控效應解釋生物學結果
到了這個階段，我們可能已經對自己的數據瞭如指掌。但是，孤立的數據往往會變得難以理解，尤其是要向更廣泛的受眾傳達更大範疇的情況時。
這時候，QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 中的調控效應 (Regulator Effects) 特性提供了對我們數據的前所未有的全局觀察分析。通過將上游調控結果與下游效應結果整合，調控效應 (Regulator Effects) 可建構以下的因果假設：
- 透過它們調控的基因，上游分子的生物影響
- 一種表型 (phenotype) 的機制
- 哪些分子可能是重要的藥物目標 (drug targets)？
透過使用調控效應 (Regulator Effects) 功能，將為我們的研究與發現增添了深度和特定方向。
5. 路徑設計師 (Path Designer) 讓我們的 IPA 網路和路徑更加與眾不同
我們已經完成了獨特的研究，現在是時候發表了。第一印象很重要，尤其是在科學同儕評審 (peer review) 的世界中。
路徑設計師 (Path Designer) 是製作出色圖表的強力工具，同時保持生物學的準確性，又可將 QIAGEN IPA 中的網路和路徑轉換成色彩斑斕的圖表，自定義文本和字體，生物圖標，細胞器和自定義背景的出版品質圖形。
使用 QIAGEN IPA 路徑設計師 (Path Designer) 中內建的高品質內容，擴展並探索路徑吧。
不要在分析中陷入困境，請隨時呼叫支援
在 QIAGEN 追求推進科學和豐富研究的過程中，一直堅信提供既精密又易於使用的工具。透過使用 QIAGEN IPA，將先進的分析與直觀的設計相結合，確保在您開始探索資料的時候，不遺漏一絲一毫的有用訊息。
準備好釋放您數據的全部潛力了嗎？深入挖掘，探索未知，讓您的每一項數據都發揮其價值。如果您覺得自己即將有所突破，但需要那一點額外的推動，請聯繫我們。我們始終提供幫助。
參考資料