Pathway Studio Plant 資料庫介紹

cirlsl資料庫

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自2020年起，生圖不再訂購 Pathway Studio Plant。（2019年12月31日更新）

 

Pathway Studio Plant 是生圖2016年7月新引進的資料庫。介紹如下：

 

Pathway Studio承襲了Elsevier出版商的資料優勢，擁有世界上涵蓋範圍最廣泛且多樣的系統生物學資料庫內容。Pathway Studio根據使用者需求分成Mammal與Plant版本，其中Pathway Studio Plant專為植物科學家設計，整合了巨量生物分子間交互作用資料及視覺化分析工具，協助科學家了解分子間的交互作用及生物過程的因果關係，可應用於探討植物保護、育種及作物產量的生物學原理。Pathway Studio Plant以阿拉伯芥、玉米、稻米為模式生物，內建許多條訊號路徑與代謝路徑，此外，Elsevier以特有的MedScan自動抽取出大量生物詞彙、概念、關係，已獲得高品質的知識數據，且每週更新期刊、文獻、實驗數據、內部文件及第三方資料庫之資料，確保使用者能隨時以最新資料進行分析。您也可以匯入各種基因表現數據，如qPCR、Microarray或RNA-Seq等，與現有資料或未發表資料做比對，使科學家方便於研究並藉由這些資源加以延伸研究或探討未知領域。

I. 登入Pathway Studio Plant：

在瀏覽器開啟網址 (https://product.pathwaystudio.com/plant)

輸入您的Email帳號以及密碼後，選取login。(新使用者，請在院內 IP 範圍內，使用您在院內之 email 註冊，方能立即登入。)

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II. 使用者介面：

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1. 工作頁籤

2. Knowledgebase

-    Project:使用者自行上傳、分析及整理之資料

-    Curated Pathways:經人工校對的Pathway

-    Ontologies: PS以及第三方資料庫定義之Ontologies

-    PS Database Content: PS所有資料庫內容及分項

3. Analytical Tools

-    Import:使用者可自行上傳實驗資料或是Entity list進行分析或是建立Pathway

-    Create:建立新的pathway/group

-    Analyze:分析實驗結果

-    How Do I: 常見的使用者問題提示與教學

4. 版本資訊

5. 搜尋工具

使用者可以輸入關鍵字進行搜尋，輸入框旁邊的Advanced可以設定更多的搜尋條件，呈現更為精準的搜尋結果。

6. 教學材料、聯絡support、資料庫最新更新日期、Q&A相關資訊

7. 個人帳號狀態

 

III. 利用Pathway Studio Plant 進行資料搜尋

＊關鍵字搜尋：

輸入關鍵字即可進行搜尋，結果會呈現在視窗下方

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如果需要顯示更多資訊，可點選頁面裡Table column旁邊的箭頭，在下拉選項中選擇Customize table，即可顯示其他的資訊。

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＊ Pathway 搜尋:

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IV. 建構Pathway

＊ 建構Pathway之應用：

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＊ Network builder:

點選Entity，選擇工具列上方Add，根據不同研究需求及目的，下拉選單中有許多Build Pathway工具可供選擇

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例如:

  • Network builder/ Expand pathway

用於尋找Entity上游/下游調控因子，可一次選取單一或複數個Entity

  • Direct interactions

用於連結複數個Entity，需選取多個Entity才能啟動

  • Shortest Path

尋找兩個Entity間的最短路徑，僅限於選取兩個Entity時才能啟用

 

V. 存檔及輸出資料

Save: 將建立完成的pathway儲存於PS資料夾內

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點選Save As

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Camera: 將Pathway輸出成圖檔

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選擇Resolution以及是否需要Legend及Transparent background，最後點選Save儲存成圖檔輸出

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VI. 實驗資料分析

＊ Analyze experiment -應用：

  • 分析實驗資料

  • 參數可依照需求調整

  • 可設定Filter probes by values

例如只要分析表現量> 2 or < -2倍的Probes，就可使用此參數

  • 分成Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 和Sub Network Enrichment Analysis (SNEA)

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＊ Analyze experiment:

點選Tools ⇒ Analyze Experiment

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 推薦給研究阿拉伯芥、玉米、稻米的您，並請多多利用！

 

2016/7/21及7/28 有Pathway Studio Plant課程，歡迎報名參加。

報名網址：http://lsl.sinica.edu.tw/Services/Class/registration.php