IPA 路徑分析軟體2020年秋季重大更新

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圖文/ 創源生物科技股份有限公司分子視算中心

QIAGEN IPA 路徑分析軟體在本季度釋出重大更新,提供全新使用介面以及更多新增功能,詳細更新內容請參閱下方資訊:

(若尚未有IPA軟體使用帳號,請向生圖提出申請

 

QIAGEN IPA 推出全新介面!(QIAGEN IPA has an all new look)

IPA此次更新除了提供新版介面外,登入畫面也設置新的Quick Start,整理了IPA關鍵的功能、常見問題及短片來協助大家快速瀏覽並上手IPA。

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圖一、 IPA全新介面。大部分的功能及位置與前幾版相同,但更新了現代化的外觀。需要注意Mac系統使用者,開啟按鈕的圖示更換為⌘-A,因此建議所有用戶去原廠官網下載最新版本的IPA,並更新至Java8以上,以獲取正常及最佳的使用者體驗。

Client下載連結: LINK

 

圖形分析摘要(Graphical Summary)

IPA此次新增一種核心分析結果(Core Analysis)的新方法,稱為“圖形總結”。其目的為提供IPA核心分析中主要生物學主題(biological themes)的快速概述,以及說明這些概念如何相互聯繫。此功能選擇並連接分析中預測的最重要的分子,從而創建了連貫且可理解的分析。圖形分析摘要包括了生物路徑(canonical pathways)、上游調控因子( upstream regulators)及生物疾病功能( diseases and biological functions)。此演算法使用機器學習技術來確認優先順序,並連接某些情況下尚未與QIAGEN知識庫建立關聯性的分子或路徑關係。

圖形分析摘要功能顯示在Core Analysis中“Summary”選項右側的新選項中,如下圖所示。以下範例呈現了一個Graphical Summary結果,該結果來自探討對侵襲性緊密連接蛋白低表達型( claudin-low)乳腺癌細胞與侵襲性較低的管腔A型(luminal A)乳腺癌細胞進行對比(ratio)後的表現分析。這些claudin-low細胞中可通過活化如ZEB1,SNAI1和SNAI2之類的特定轉錄因子而激活了上皮-間質轉化(EMT),並使其具有組織侵襲性現象。IPA則將當中關聯性整合如下圖:

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圖二、新的“圖形分析摘要”是一個小型網路圖,用於彙整“核心分析”的主要結果。此功能演算法使用多種方法(包括機器學習)來選擇和連接排名前面的預測實體。首次分析時,將花費較多的時間在數據及圖形的呈現,因為IPA需要將數據集生成及保存新的圖形摘要。

*更多有關此功能的詳細資訊,也可透過下方連結至原廠Help進行研讀。

https://qiagen.secure.force.com/KnowledgeBase/articles/Basic_Technical_Q_A/Graphical-Summary

 

新增個人化註解在我的路經中(Now add “sticky” notes directly on a My Pathway)

此版本使您可以在Pathway或Network添加任意數量的標籤,以幫助您保留感興趣的想法或細節。可以將這些註釋添加到Pathway或Network中,然後另存為“My Pathway”。該工具有助於與他人共享自定義途徑的組成部分。

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圖三、通過將自己的註釋添加到路徑和網絡來更有效地進行交流。為自己做筆記或與他人分享。您可以將註釋附加到分子、關係,或提供有關路徑的訊息。

 

Other improvements to IPA

  • 分子活性預測(Molecule Activity Predictor (MAP))現在在任何一次的分析(活化/抑制)過後,都可以保存在My Pathway中,過往只能保存實驗分析、資料集或是Data Overlay在My Pathway中,此次的修正將能節省大家的時間及精力。

  • 通過剪貼網路或網路片段來簡化自定義路徑的創建,而不會遺失其相對分子(Node)的位置。

  • “Chem Search”上的CAS連結現在已可以使用且呈現活動狀態,並可以訪問NIH提供的ChemIDplus網站(https://chem.nlm.nih.gov/)。

  • 全新短片更新於核心分析及我的路徑(New short videos in Core Analysis tabs and My Pathways)

   在Core analysis當中可以找到新的短片。可以視窗右側視頻播放按鈕圖標。

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Content updates 2020 Q3 最新更新Pathway及資料庫數據如下:

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並新增OmicSoft資料庫內容如下:

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表一、 OmicSoft資料庫更新統計(Analysis Match & Activity Plot)。超過7,700全新分析數據、4條生物路徑、425,000新增文獻資料。

 

 

 延伸閱讀:

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