蛋白質序列功能及特性分析

ChatRoom-20150706

 

範例:搜尋結果顯示此一蛋白質是C. eleganBRCA1-associated RING domain protein 1 (brd-1),同時也知道此一蛋白質包含Zinc-Ring finger 和Ankyrin repeats的序列特性。接著,將CeBard1與其他物種的Bard1蛋白質序列進行排列比較。

1. 在UniProt 的搜尋欄位鍵入”brad1”

uniprot_brad1

 

2. 從搜尋結果中選擇人類、大鼠、小鼠、阿拉伯芥以及C. eleganBRCA1-associated RING domain protein 1 (Q21209)後,選按Align進行下一步的蛋白質序列排列。

species

 

 3. 序列排列完成後,左側包含序列特性和胺基酸特性的選項,這些選項會依照UniProt中這些序列而有不同。此一圖形中顏色的顯示為:Blue background: 3 ANK repeats,Purple background: Zinc finger RING-type regions PS50089,Yellow background: BRCT domain defined by PROSITE (PS50172)。其中,人類、大鼠和小鼠包含4個Ankyrin repeats,阿拉伯芥及C. elegan則含3個Ankyrin repeats。

ALIGN2

 

4. 從文獻中已知 BRCA1和BARD1會形成異源二聚體,此一異源二聚體的交互作用區域在BARD1是位於殘基(residues) 26–119亦即RING-type zinc finger region (Mapping the Functional Domains of BRCA1:interaction of the ring finger domains of BRCA1 and BARD1.Jose E. Meza, et al., 1999, Vol. 274, pp. 5659–5665.)。最近的文獻顯示C. elegans brc1/brd1異源二聚體亦參與DNA修復和維持基因體穩定度的作用 (Loss of Caenorhabditis elegans BRCA1 Promotes Genome Stability During Replication in smc-5 Mutants. Stefanie Wolters, et al., Genetics, 2014, Vol. 196, pp. 985–999.)。

 

以上內容感謝生醫所孫慶姝小姐提供,希望對您們有幫助。